尽管网易方面宣称《绘真.妙笔千山》“将平面化的卷轴转化为3D的世界”，但在游戏批评看来，本作还是更偏向于有层次感的2D场景，玩家可以摁住屏幕进行有限的视角旋转操作，但远未达到“3D”的水准。
游戏教程中会推荐玩家长按屏幕两侧来实现左右移动操作，但由于分层场景的高低差与画幅限制，更常见的点触操作可能会是更好的选择。而由于《绘真.妙笔千山》在视角与镜头转换方面的限制，玩家的某些移动操作会受到较多的阻碍，例如你想从妙山先生的外庭返回室内，就必须贴着屏幕底部连续点击，让画幅缓缓下移，才能实现场景转换。
作为解谜游戏《绘真.妙笔千山》的引导设计也不是那么友好，缺乏经验或是眼神不好的玩家，甚至在游戏的第一章节“比翼”中不一定能够理解地面上不时现身的小黑球是为了引导玩家的行动，即使玩家枯站许久找不到线索，游戏也缺乏更直观的文字或对话提示，如果不借助外部搜索或社区得来的攻略，不时卡关可说稀疏平常。
可要是一卡关你就去找了攻略，一步一步照着玩，这解谜玩法又还有什么意思呢？
这是市面上多数解谜游戏未能妥善处理的问题。
显然《绘真.妙笔千山》的设计目的并非是要让玩家体会谜题设计的精妙，而是希望玩家通过解谜的过程体味山水色彩互动的妙处，但就这一互动操作范式，常常也会让玩家遇到困扰。
例如在游戏批评试玩的第二章节“沧海”中，就出现了一坨挡住去路的鱼群，想要驱散鱼群就需要将带有刺激气味的道具“蓍草”拖动到鱼群身上，而由于鱼群不断游弋，玩家可能会需要两三次尝试才能让“蓍草”准确施放在鱼群身上，可知游戏在互动操作的容错性方面并不那么友善。
