《孤岛危机2》故事发生在距一代3年后的2023年。外星人在地球上的大片区域挑起了战争，各大城市都遭到攻击，人口锐减，玩家将要进行捍卫地球的末日战争。
孤岛危机2将不同于原作，原作中调查了神秘的陨石后，最后美军舰队被全数击沉，主角诺曼携科学家海伦娜逃离之后，外星人入侵了世界的各个地点，并极大的改变了环境，幸存的人类不得不联手起来对抗入侵者。
孤岛危机2的主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激，画面更加清晰真实。
孤岛危机2的主角变为了阿卡特兹，一位海军陆战队员，在与CEPH的战斗中，他被前作中生化装特种部队的队长劳伦斯·巴恩斯少校救起，普费由于在孤岛危机1的剧情战斗中已经感染了不可治愈的孢子病毒，知道自己将不久于世，于是在自尽前留下了生化装给阿卡特兹，阿卡特兹穿上生化装，开始与CEPH和C.E.L.L作战。
游戏剧情方面，《孤岛危机2》延续了老套的科幻游戏风格，故事情节继承了上代作品，但内容与一代也有很大变化。游戏中的战场已从秘密丛林战转向了公开、大规模的现代城市战争。故事发生在距一代3年后的2024年。游戏主战场因此改变至纽约，由于外星病毒感染，纽约的居民被迫疏散，纽约成了一座“孤岛”。同时更有神秘势力Crynet出现，《孤岛危机2》的世界比起前作更加凶险刺激。玩家将控制主角 "Alcatraz"，在奄奄一息时被Prophet救起，并穿上了了《孤岛危机》标志性的纳米服 -- 一件拥有先进AI的战斗装甲。而等待着主角的却是更为多舛的命运。
在《孤岛危机2》中，纳米服就好比玩家观察这个世界的镜头。同时它也为整个游戏带来了巨大的凝聚力。一旦你点击“开始游戏”按钮，你的所有行动和看到的一切都会在第一人称视角发生。纳米服有三种模式：“潜行模式”基本可以让你隐身；“力量模式”会增强你的近身攻击能力，并大幅提高你的移动速度和跳跃高度。“装甲模式”大幅提高你的防御力，把你变成一辆“移动的坦克”。每种能力都会在不同程度上消耗纳米服的能量。而《孤岛危机2》的根本就在于如何恰当利用好这些能力，找到组合它们的新方法，并出其不意地运用它们。
3.孤岛危机3
