《孤岛危机3》故事发生《孤岛危机2》之后，外星人已经将纽约的面貌大大改变，主角需要和先知一起挑起抵抗CELL的重任。
《孤岛危机3》故事发生在上作《孤岛危机2》之后，纽约已经包裹在Nanodome当中的城市，成为热带雨林，长满树木，茂密的沼泽地和湍急的河流，其中分成为七个不同的和变化莫测的环境，《孤岛危机2》当中的先知，研发出一个致命的复合弓箭，增强的纳米服和毁灭性的外来高科技，成为这个星球上最致命的猎人。
纽约树立起了巨大的保护屏障来保护城市，政府宣传的目的是为了保护人类不受外星人的影响和袭击，实际上这个保护屏障的背后是CELL企图用武器和科技征服世界的野心。
因此二代中继承了先知名字和意志的主人公——本名阿兹卡特的陆战队成员跟随前暴龙小队成员，在《孤岛危机：弹头》中担任主角的Psycho一起在该作中挑起抵抗CELL的重任。
《孤岛危机3》是《孤岛危机》系列精心雕琢的一部续作。它的剧情塑造了包裹在科幻外衣之下的可以指引灵魂的主题。这为前面几部作品中的*戮带来了意义。虽然《孤岛危机3》的多人联机并不足以超越目前FPS界的两大领军作品，但起码为喜爱这种口味的玩家提供了一个不错的选择。
这不是一部非常“次世代”的作品，但绝对是一部气氛庄重、节奏紧密、战术灵活、故事感人的作品。
