同一个角色，形象为什么会发生如此翻天覆地的变化呢？游戏流程没进行任何解释，而是通过文字档案补充说明。
《隐形守护者》的主角只有一位，线索全部聚焦在一条，故事发展结构则是比较简单的以章节为基本单元的总分架构。在宏观脉络方面，根据玩家游玩方式的不同，故事情节从中期开始就会朝着三个截然不同的方向发展。而在每一个具体章节内部，故事的发展脉络也存在海量的细节分支，但是在章节末尾依然会“殊途同归”。这么设计的好处在于线索逻辑比较简单，不论是正常推动剧情，还是搜集分支结局都相对容易，大大降低了游玩门槛。
这是宏观剧情发展脉络。可以看出来，在第五章之后，逐渐衍生出了三个不同的剧情发展方向。
这是章节内部的剧情发展脉络。你一旦逝世，就可以从之前的节点重新开始。
不过这么做的缺陷也是显而易见的。聚光灯几乎全部打在了唯一的主角身上，各段情节之间又缺乏犬牙交错、互相影响的节点——和《街》、《428被封锁的涩谷》相比，故事整体的格局也就显得比较单调狭窄。相对简单的故事发展脉络，则让百思不得其解后突然豁然开朗的乐趣荡然无存。此外，由于三个结局分支是并列关系，但玩家却肯定得分个先后依次游玩——这也会让其中一个结局揭晓的重要信息，无可避免地破坏另一结局分支中的悬念。
章节末尾以“潜伏档案”来进行故事小结
和2014年的原作相比，《隐形守护者》几乎每一个结局都经过了大幅修改。这八成是出于内容安全的考虑，因此就算或多或少让故事逻辑不如原作缜密，但无可厚非。不过即便抛开这个层次上的缘由不谈，三大结局当中依然有两个存在严重的叙事节奏问题。其中“扶桑线”的故事草草收尾，主角在结局前所作出的惊人举动缺乏令人信服的解释和情感铺垫。而“红色芳华线”的最后两章更是如同“飞流直下三千尺”的瀑布，强硬而突兀地收束剧情线。
