但是，尼加拉瓜并不这么认为。1821年，由西班牙原殖民地危地马拉、萨尔瓦多、洪都拉斯、尼加拉瓜、哥斯达黎加五个独立后，宣布成立中美洲联邦。中美洲联邦只存在了14年，1841年解体。不过，尼加拉瓜认为圣普等岛属于中美洲联邦，哥伦比亚对圣普等岛的控制不具备合法性。尼加拉瓜提出一个证据：西班牙在1803年曾颁布了一个皇家法令。该项法令是关于卡塔赫纳（哥伦比亚的加勒比海沿岸城市）和哈瓦那（古巴首都）之间珊瑚礁和岸堤的地理勘察。尼加拉瓜认为这该法令颁布之前，圣普诸岛就由尼加拉瓜省管辖。
而且1821年两国分别从西班牙独立时，并没有改变圣普诸岛由尼加拉瓜省管辖的事实。
1928年，尼加拉瓜和哥伦比亚签订了《关于哥伦比亚和尼加拉瓜未决领土问题的条约》，也称《巴尔塞尼亚斯——埃斯格拉条约》。在该条约中，哥伦比亚承认尼加拉瓜对大小科恩岛享有完全主权，尼加拉瓜则承认哥伦比亚对圣安德列斯岛、普罗维登西亚岛、圣卡塔利娜岛及其附属岛屿和礁群享有完全主权。
不过到了1980年，尼加拉瓜又不再承认这个条约，说这个条约违背尼加拉瓜于1911年制定的宪法。该宪法条款说：“国际条约如果与国家的独立和完整性不相一致力的情况下，官员未经法律授权而行使处置领土， 则不具备法律效力。”
另外，尼加拉瓜还有一个理由：签订条约时的尼加拉瓜被美国实际操控。这个条约只能视为是美国和哥伦比亚的意志体现，不能代表尼加拉瓜的态度。
对于尼加拉瓜的主张，哥伦比亚当然不承认，凭什么你说什么就是什么？哥伦比亚说1803年那项皇家法令颁布的时候，压根就没有什么尼加拉瓜，只有危地马拉总督治下的尼加拉瓜省，危地马拉总督并没有对哥伦比亚拥有圣普诸岛产生过质疑，你一个省叽叽喳喳什么。
领土争端向来国与国之间非常敏感的话题，这不仅涉及到领海和专属经济区、海洋资源开发，也是涉及到国内民众情绪的大问题。
一方如果在领土争端问题上让步，那就等着国内民众山呼海啸的抗议吧。尼加拉瓜在2001年向海牙国际法院（不是那个对俄罗斯总统发出逮捕令的海牙国际刑事法庭）对哥伦比亚提起了诉讼，实际上尼加拉瓜心里都清楚，战场上得不到的，谈判桌上又如何能得到？2007年，国际法院裁定圣安德列斯三大岛的主权还是哥伦比亚的，但其他7个岛屿的主权归属没有得到解决。2012年，国际法院作出最终裁决，剩下这7个有争议的岛屿，主权属于哥伦比亚。
判决有利于哥伦比亚，如果判决不利于哥伦比亚，哥伦比亚大概率也不会把这些重要的岛屿拱手相让。
