约翰是故事的核心人物，下面通过对他三个不同层面的分析，来剖析电影所蕴含的深层次涵义。
- 人性层面
在"绿里"，狱卒和犯人之间形成了很微妙的关系，两种截然不同的人生方向，生死交会中，善和恶似乎一目了然。见惯了电椅上的惨叫，目睹了太多的死亡，狱卒都变得麻木。直到约翰的到来，一切都不再理所当然，从麻木到质疑到思考，每个人都开始改变。
狱卒保罗因为尿道炎痛不欲生，约翰不忍看他如此痛苦，用“奇迹”治愈了他。从此也为他们打开了一扇窗，透过窗可以看清事实的真相，看透社会的黑暗，看见人性的麻木与残忍。
约翰是因为想救人被误解入狱，却没有一丝解释，没有一丝恨意，只是深深的自责不能救活她们，就像他在影片中说的那句："我没办法，我试着想要挽救，但是太迟了。"一尘不染、至纯至真的人性出现在现实社会中，注定是孤独的，只能是昙花一现，因为真实的生活太黑暗了。
约翰最后坐上电椅，行刑的时候说："请不要给我戴头套，我害怕在黑暗里。"这是他对人性最后的点拨——不要置身于黑暗之中。他从始至终，并不是无力反抗，只是他的高度无人可及，因为无法挽救痛苦，无法救赎人类，他选择了死亡，带着对丑恶人性的厌恶，和对至高人性的坚持。
他以死亡告诉我们，只有一条路，那就是自我救赎。
- 宗教层面
约翰·科菲治愈了监狱长夫人后，她给了约翰一个小吊坠，上面雕刻着圣克里斯多夫。在圣经里，圣克里斯多夫是一个巨人，他经常背着上帝过河，上帝化身一个小孩子坐在他的背上，但是非常沉重。上帝说，因为我背负了人世间的所有苦难。巨人，背负苦难，也许约翰就是克里斯多夫的化身。
约翰拥有的高于一切人性的视角是"神性"，拥有的起死回生的超能力是"神迹"，宗教在其中处处彰显。
影片将走廊的的绿色赋予了宗教和神学的气息，这条走廊是死囚犯的必经之路，通向死亡。但在《创世纪》中上帝创造的生命中就有绿色这一代表，在很多中西方的神话中，"绿色"也被用作是生命的象征。所以，这里有一个宗教隐喻——绿里既是通向死亡之路，也是通向天国的永生之路。
- 社会层面
约翰只会拼写自己名字，社会地位低下，只能打零工，因为被看见他坐在那里抱着两个小女孩的尸体，就被判处有罪；寻求真相的保罗找到了他的律师，律师却坚定的认为约翰就是凶手，而且以土狗来比喻约翰，没有丝毫尊重和信任；狱卒佩西嘲笑的叫嚷应该给黑人专门准备一个电椅。这些细节隐喻着种族问题，表现着社会对黑人的不公。
种族歧视的问题在美国一直延续了几百年，从1619年第一批黑奴被贩卖到北美，美国政府就开始了对黑人的种族歧视，到1776年《独立宣言》发表时，奴隶制在众多殖民地中依然是合法的。到了十九世纪二三十年代，美国社会中的废奴运动高涨。
《绿色奇迹》里约翰的故事发生在1935年，冷山监狱的原型是南北战争前后安哥拉。奴隶制问题也使得美国南北分裂，内战后由于白人顽固的种族主义思想，使得黑人遭受巨大不公平的待遇。
