3. 装甲防护
99A的外观变化最大的就数炮塔了。99二期改的炮塔顶部呈弧形突起，整个顶部都没有附加装甲，右侧的车长周视镜安装在一个突起的圆台上，左侧的炮长主潜望镜也完全突出在炮塔之外，外壳比较单薄。
99A的炮塔比99二期改宽大厚实了很多，棱角更尖锐，前部和顶部的曲面、折线都简化为平面、直线，造型非常简练。整个炮塔顶部完全被附加装甲覆盖。车长周视镜底部和装甲齐平，主潜望镜有2/3埋在了厚厚的顶装甲下，防护力大增。
连舱口盖都装上了厚厚的装甲，这在全球都似乎是首例，可见99改对顶部防御的重视程度。据毛明总师最近的讲话称，顶部防护能力相当于XXX毫米RHA（均质轧压装甲），免疫所有现役末敏弹。
99一期改开始就安装了双防反应装甲，够防破甲弹和穿甲弹。99A上的反应式装甲得到升级，不仅厚度增加明显（见车首附加装甲的厚度对比），还能防串联结构的破甲弹（最典型的就是各种新型反坦克导弹），做到了“三防”。相比俄罗斯T-72、T-90的反应装甲布局方式，99A的反应装甲布置更科学、防护死角小，防护面积大，而且小倾角状态下防护效果好。
另外驾驶舱的位置也从正中往左移动了一些位置，车体内部结构肯定也有变化。
从外观上看，所有附加装甲的表面包括驾驶舱盖都进行了喷砂处理，加工工艺精良，和西方主战坦克基本在一个水平。对于防弹性能是否有帮助还不得而知，直接的好处至少有两条，一是大大减少了金属反光，增强了视觉隐蔽性，改变了过去俄式坦克在阳光下油光锃亮的形象；二是防滑，车组成员在坦克表面维护、装弹时附着力增大。
4. 电子系统
现代主战坦克上观瞄、火控、通讯等电子系统的重要性越来越大，占总成本的比重也超过40％。99A的电子信息化程度进一步提高，被称为中国第一种信息化坦克，实现了战车之间的相互协同，车内乘员之间的信息共享，实时更新、报告战场态势，使坦克成为战场上重要的信息节点。“猎歼、车长周视热像、稳像、自动校炮、毫米波雷达、自动选弹等等，总之该有的全有。”毛明总师语。
99A换装了第二代凝视焦平面红外线热成像仪，探测单元直接接收整个视场的热辐射信号并形成凝视图像，不需要光学扫瞄动作。有效作用距离7～9公里，灵敏度和解析度比第一代热成像仪大幅提高，体积更紧凑。
在99二期改及之前的两代99坦克上，都安装有独步全球的置顶激光压制干扰装置，能对敌方激光测距仪、星光夜视镜、电视摄影机、光学瞄准仪、红外线热像仪等一切可见光/近红外线光学电子仪器实施干扰，使之饱和失效，甚至造成永久性破坏，同时集成有破片式主动防护系统。
见上图，炮塔右侧蘑菇状的是全向激光通信/敌我识别系统，以激光光波作为载波传输加密的数字信号，具备收发敌我识别编码、数据传输及语音通信等功能。激光通信系统非常先进，带宽大，保密性强，抗强电磁干扰。
