协和1959年复校后改名“中国医科大学”，1970年停办，于1979年再次复校。根据1979年7月31日教育部（79）教计字312号《关于改变北京中医学院、中国首都医科大学领导体制的通知》精神，经国务院批准恢复八年制大学，设医学专业，改名为中国首都医科大学。学校被列为全国重点高等学校，由卫生部和北京市双重领导，以卫生部为主。教学仍按照1959年原“中国医科大学”的办法，前两年半为医预科（每年招收学生30人），教学在北京大学进行，后五年半为医本科，教学在中国首都医科大学进行。
根据1980年12月13日卫生部（80）卫人干一字第104号《关于林士笑等同志任免职务的通知》精神，经中共中央组织部（80）干任字642号文件批复，中央同意林士笑兼任中国首都医科大学党委*，黄家驷兼任中国首都医科大学校长，邓家栋任中国首都医科大学副校长，董炳琨任中国首都医科大学党委副*、副校长，方志西任中国首都医科大学党委副*，章央芬、陈敏章任中国首都医科大学副校长。
1981年2月12日上午召开了中国首都医科大学领导班子第一次会议，出席会议的校领导有林士笑、黄家驷、邓家栋、董炳琨、方志西、章央芬和陈敏章，卫生部教育局许文博、陈明光列席会议。校领导班子第一次会议讨论了中国首都医科大学的任务、体制、校址及师资、教材建设、校领导分工等重大问题。1981年3月9日，经卫生部党组批复，同意我校成立中共中国首都医科大学临时委员会，由林士笑、董炳琨、方志西、黄家驷、邓家栋、章央芬、陈敏章、王辅民、郭福芝9人组成。董炳琨、方志西任临时党委副*。
1982年2月15日，中国首都医科大学为79级学生举办了隆重的开学典礼。卫生部副部长崔月犁出席开学典礼并讲话，卫生部医学教育局、北京市高教局负责同志及我院、校领导和教职工200余人参加开学典礼。副校长邓家栋主持开学典礼，校长黄家驷、临时党委*林士笑讲话。教师代表薛社普教授和学生代表崔炜在开学典礼上发言。
1982年2月20日,院报报道中国首都医科大学复校开学
1982年2月15日,邓家栋副校长主持复校79级学生入学开学典礼
