苏州大学前身可追溯到私立东吴大学。私立东吴大学在民国时期是一所二流的私立学校，优势系科是法学院的法学系，但东吴的法学院位于上海，并不在苏州，留在苏州的只有东吴不太强的文理学院。1952年，东吴大学文理学院、苏南文化教育学院(民国时期建立的三所文化教育类院校合并而成)、江南大学(位于无锡)的数理系三部分在苏州组建江苏师范学院，在东吴大学原址办学，继承东吴大学档案。1983年，江苏师范学院改名为苏州大学。1995年，苏州蚕桑专科学校（1903年创办，后历经多次调整，合并了一些外地院校）并入苏州大学。1997年，苏州丝绸工学院（1903年创办的上海私立女子蚕业学堂，历经多次调整）并入苏州大学。2000年，苏州医学院（1912年创办于南通的一所医学院）并入苏州大学。
所以苏州大学校区众多，主要都是曾经合并的学校原校区，规模巨大，2000年开始，苏大就成为一所文、理、工、医、农、艺全面性的高校。苏州大学设有30个学院，有教职工5531人、全日制本科生27615人、硕士研究生13160人、博士研究生1859人、留学生3271人。
2017年苏州大学入选世界一流学科建设高校，但建设学科只能自选，苏大选择了材料科学与工程来建设。总体来说，苏州大学学科盘子很大，学科设置众多，在第四轮学科评估中，有41个一级学科获评C—及以上。
两校所处的城市经济发达，从创新经济和独角兽企业分布来看，苏州只有南京的零头，但制造型企业苏州则明显多于南京；从某权威互联网企业发布的全国城市工作机会排名中，南京位列全国第六，苏州位居全国第九，具体数值上苏州只有南京的三分之二，从具体行业上来看，苏州酒店行业从业人员收入更具优势，而南京的研发和数字经济从业人员收入则让苏州望尘莫及。南京是中国四大古都之一，苏州则是著名的园林古城。南京名校云集，文化浸染，底蕴深厚，是世界文学之都，选择南师大有更多的氛围优势；而苏大靠近我国经济中心大上海，虽然不及上海本地高校在上海的从业优势，但占据地利优势。南京既有江南水乡的柔情，又有大古都的格局。而苏州柔美有余而大气不足，本地自古闲人较多，茶余饭后喜欢背后议论他人，小富即安，心眼较小，格局不大，缺乏眼界。
南师大规模相比苏大来说小一些，学科分布也主要是基础文、理两类，尤以人文社科优势见长；苏大则有更多的工科设置，学校学科全面，综合性更强，师生规模都更大，在优势资金集中下，有着更多的成长优势。
第四轮学科评估一级学科获评情况
从学科评估来看，南师大的学科实力和精度都更强一些，苏大与南师在文、理方面学科重合，文科方面基本都比南师低一档；但苏大有着较为完备的工科体系，能够看出之前合并的一些学校在苏大这个平台下优势发挥出来了，同时苏大有自己的医学院，而南师目前还没建立医科。两校在艺术大类的表现各有所长，总体南师更占优一些。
