在世纪之交的时候，国内高校最流行的就是大学合并，现在很多超级985高校就是当时合并后的产物，最成功的当属浙大了，一跃成为国内高校的三甲，其次就是武大了，把一个纯文理高校，合并来了一个世界第一的测绘学科。
南京的双子星高校，在1998年也有合并的意向，南京大学与东南大学双方也协商了。以当时两校的实力，合并以后可以与清华、北大争锋，有希望成为国内第一高校的；不过按照现在两校的实力来看，合并后还是达不到现在的清北学科实力，两校的科研也达不到清华的能力。
据传双方谈判都比较的顺利，有强强联合组建超级名校的冲动，最后由于多种原因还是放弃了。如果当时两校合并成功了，超越清北有难度，干翻浙大还是很有希望的，妥妥的国内三强（以当时的实力）。
不过按照第五轮学科评估结果还有最近十年国家三大奖的表现看；东南与南大合并，如果不产生溢出效应，还是干不过浙大的。说白了还是投入问题，浙大在浙江得到支持，比南大与东南在江苏的总和还要多，这其实就是高校建设的靠山问题。浙江名校少，支持起来目标明确，江苏优质高校太多，需要花钱的地方也多，两校得到额外支持也就少了。
