两者的相同点就是，都是火箭，用于发射航天器的。
再就是两者的用途不一样
1.长征6号是快速轻型火箭，发射载重小于一吨的航天器的。2015年9月20日，长征6号在太原卫星发射中心“一箭20星”首飞成功。
2.长征5号是大推力火箭，主要用于发射太空飞船等大型航天器。2016年11月3日，长征5号在文昌航天发射场首次成功发射，
长征6号的情况现在还不清楚，但是从目前的报道看还是看得出一点眉目的。
首先，长征6号比5号要小。5号是1000吨级火箭，在计划中还有一种1600吨级火箭，目前没有正式立项。但是这些重型火箭都有一个共同特点，那就是已经超过了铁路运输的极限，因此不可能从内陆发射场（西昌，酒泉，太原）发射，只能从海南发射（海运过去）。因此5号的首发时间定在2014年，原因就是唯一有能力发射它的海南文昌发射场2014年才建好。而6号的首发时间是2013年，说明它是内陆发射场发射，因此它的尺寸应该明显小于长征5号，而和长征2号或者3号差不多。
其次，长征6号使用了5号的技术，所谓的“无毒无污染的新一代运载火箭”，说明它使用的是液氧/煤油，或者液氧/液氢发动机，也就是和长征5号一样，在长征5号的发动机已经研制成功的条件下，最有可能的是使用完全一样的发动机。
第三，长征6号的技术比5号成熟。6号计划开始得晚，但是首发比较早。很明显使用现有成熟技术比较多。因此研制速度才比较快。
第四(这条纯属猜测)，长征6号可能是和5号同一系列的火箭。也就是说应用了5号的3.35米模块或者2.25米模块搭建起来的火箭。由于5号的基本技术其实已经成型，现在主要是在等发射场，那么用5号已经成功的技术研制一种小一点的火箭，让技术早一点获得应用显然是合理的选择。
