但倭寇平了，其他更多事，却是平不掉，特别是他的用人，晚期用大臣全看听话，特别信任的内阁首辅严嵩，就是因为听话好用才得宠，严嵩一家也借机大肆腐败，把明朝政治祸祸到不成样子。后来严嵩虽倒，腐败的歪风邪气，依然一发不可收拾。直到这时驾崩，大明王朝，处境已经十分艰难。
但幸运的是，即位的是他的儿子裕王朱载垕。明朝诸帝中，朱载垕堪称童年最苦命的一位。早年笼罩在他身上的最大阴影，便是父亲嘉靖帝笃信的“二龙不相见”之说。也就是“真龙”皇帝倘若和“未来皇帝”见面，必然会闹灾。怕闹灾的父亲，因而也多次拒绝和朱载垕见面，甚至每次朱载垕去请安，也总被挡在宫门外。母亲康妃也无法和儿子相见，不但临终时的最后一面没见到，就连给母亲守孝三年的请求，也被嘉靖皇帝干脆利落的拒绝。最后的母爱，也被父亲无情的剥夺。
比起父亲嘉靖帝朱厚熜来，即位的隆庆帝朱载垕，因为他用人得当，朝廷内人才济济，国家经济全面恢复，外患消弭，军备振兴。他在位的时期，是后世公认的明朝“隆万中兴”的开始。
但他本人，却是一个挨骂非常多的皇帝，骂的内容主要是说他懒，比如御史郑履淳就曾写奏折批他，质问说皇上在位三年，曾经召见过大臣吗?曾经亲自主持筹划过国家大事吗?您对奏章的批复，是您自己写的吗?而骂的好色的更多，除了他那些具体行为外，有些言官甚至捕风捉影，比如御史蔡汝贤就曾上奏说：皇上您这两天瘦多了，肯定是经常宠幸女人，您可不能这样啊。
对这些骂他的奏折，朱载垕大部分时候还是很宽厚，大多数的奏折，他既不惩罚上奏官员，也不批复，基本都“留中”了，少数例外的，比如蔡汝贤的那份奏折，他还特意批复了，在批复中回答说：我这两天真的没有宠幸贵妃，我瘦确实是因为干工作累的。
登基后的朱载垕，面对的是朱厚熜留下的烂摊子。北方鞑靼部落持续进犯，国家财政严重紧张，他登基早期，国家粮仓里的存粮，仅仅足够支用一个月。他登基后的种种举措，后人称赞比较多的，包括有停止各类道教活动，带头恭行节俭，遏制兼并，平反冤案等。
大多是对朱厚熜在位中后期种种过失的补救。而他做的最重要的两个事情，一是整顿军备，二是开放对外贸易。这位被看做“软弱”“温和”的帝王，对于军备却极为重视，他登基后的第二天，即下诏书给明朝九边边镇，希望各个边镇通力合作，早日打大胜仗。
也正是他在位时期，抗倭名将戚继光北调蓟州，加强北部边防。另一位后来的名将李成梁，也正是在他在位的第一年提拔为辽东总兵。隆庆三年(1570年)，他还在皇宫举行了明王朝历史上最盛大的阅兵仪式。明朝武备的重振，确实从他开始。
而开放海外贸易方面，朱载垕的举措，就是历史上的“隆庆开关”，对于朱元璋的“海禁”祖制，表面上他并未违反，而是在福建月港开设经济特区，允许沿海商民经此地出海贸易。之后的几十年里，福建月港迅猛发展，号称“天子东南银库”。更直接的世界意义是：西方历史学家认定，从那以后直到明朝灭亡，世界上三分之一的白银都让中国赚走了。月港，在欧洲商人的说法里也有了个绰号：银泵。
朱载垕在历史上的最大形象，便是好脾气。经常是朝臣在眼前吵翻天，他也淡定不发火。但好脾气的朱载垕，却也有强硬的一面，登基之后的第一件事，便是整顿贪污腐败。从隆庆元年起，官场便掀起整顿风暴，不但大批贪官落马，甚至好些没有劣迹但是尸位素餐的庸官，也纷纷下岗。即使这样，朱载垕还不满足，隆庆二年正月，听说好些贪官只是被免职后，朱载垕立刻不干，下令不但要追究贪官们的经济责任，还要把这群贪官的相关劣迹详细整理，公告天下。照着今天的话说，就是治不死你，也要臭死你。对那些考察中顺利过关的干部，朱载垕也不忘了敲打，下旨教育说：尔等或被简用，盖宽之也。你们能过关算运气好，以后好好办事。
朱厚熜和朱载垕这对父子，他们执政的成就，从他们死时百官以及民间的态度就可看出，朱厚熜过世时，按照明朝人笔记的说法，民间百姓，居然还有自发放爆竹庆祝的。而朱载垕则不然，噩耗传来的时候，许多大臣都哭得稀里哗啦。
高拱在聆听遗诏的时候，当场就放声大哭，完事后走到宫门外，又忍不住大声嚎啕起来。曾经写奏折骂过他的言官詹仰庇，在家哭到了昏厥。河北肃宁县的百姓们，在他登基初期，曾经由他下旨，发还了被宦官侵占的土地，在他死讯传来时，肃宁当地官民百姓还为朝廷上奏，要求为他立庙纪念。并说噩耗传来时，家家都啼哭不已。
从这可以看到这位被后人看做软弱的皇帝，却是一位颇得民心的皇帝。
