所以，钦差大臣在当时可以有极大的特权。但钦差大臣的权力，也只能由皇帝授予。尤其是在兵权上，更是如此。自古以来，兵权关系极大。
枪杆子里授兵权。授予大臣兵权，也许会平息动乱，也可能酿起新的战火。朝廷对此极为慎重。即便如总督、巡抚，掌握地方军政大权，可手上能直接调动的军队，也只有一支人数在数百人到上千人的绿营军。
如果没有特殊许可，总督巡抚想要大规模调兵，必须得到兵部调令。钦差大臣也是如此，哪怕是参与军务，他们也未必可以得到直接调兵的权力。
康熙时期，为平息吴三桂叛乱，保障后勤运输，康熙皇帝委派钦差大臣，到地方处理漕粮后勤事务。在这个过程中，康熙就没有授予钦差大臣调兵的权力。因为任务无需涉及到相应职权。如果授予钦差大臣调兵权力，对战局反而是累赘。
但是，如果形势需要，清朝也会授予钦差大臣足够的兵权。最典型的例子就是左宗棠。左宗棠曾多次被授予钦差大臣的身份，用来督办军务。左宗棠收复新疆时担任的钦差大臣，就有大规模调动地方军队的权力。
为了更好处理军务，清朝还让他担任大学士的职位，遇到事情可以从权处理，无需事事请示朝廷。毕竟将在外，君命有所不受，靠请示还怎么打仗？后来左宗棠几次钦差大臣，都得到较高权限的兵权。
左宗棠并非个例，林则徐到广东销毁鸦片前，也被授予钦差大臣的身份，可节制广东水师。后来林则徐捣毁英国人的鸦片船，水师帮了大忙。
