如此一来就使整个商馆区成为了孤岛。生活在商馆区的360名外国人相当于被变相拘留。英国驻华商务总监督义律得知此事后进入商馆区与被困的英国人进行交涉。当封锁持续到第三天时义律向清政府表示愿以英国政府的名义劝告英国商人将鸦片交给他后再转交中国。3月28日义律按照约定将20383箱鸦片上缴，次日林则徐开始逐步解除对商馆区的封锁。
随着收缴鸦片工作的顺利推进使林则徐在5月2日下令全面解除封锁：除了16名鸦片商贩大佬以外的其他外国人都可以离开广州。5月22日鸦片收缴工作终于得以如期完成。林则徐对16名鸦片商贩大佬也并未进行严惩，只是要求他们写下以后永不再踏足中国的保证书后就将他们释放了。5月24日最后一批英国商人在义律的陪同下离开广州。林则徐则命人将收缴的鸦片清点后准备集中销毁。
1839年6月3日广州虎门山下搭建的观礼台上戒备森严、旗帜招展。午时过后林则徐一声令下标志着硝烟工作正式开始：工役们将一箱又一箱鸦片逐一切割后放入事先挖好的巨大硝烟池中。等鸦片浸泡一段时间后将石灰倒入硝烟池中，再用铁锄、木耙反反复复不断进行搅拌，从而利用石灰遇水便沸的原理将鸦片溶解于水中。最后工人们打开闸门放入海水冲走混合有鸦片的石灰水。
接着再放入第二批鸦片按同样的方法进行销毁。到当天日落之时已按这样的方法销毁鸦片170余箱。此后硝烟工作继续进行了二十天。至6月23日已销毁全部鸦片19187箱又2119袋。虎门销烟大大增加了中国民众对鸦片危害性的认识，使很多人看清了英国向中国贩卖鸦片的本质，唤醒了中国人的爱国意识。 禁烟英雄林则徐因此被中国人民奉为民族英雄。
