他反对明末理学界“束书不观，空谈性命”的倾向，也反对清初“或诋朱子为支离，或病阳明为虚寂”的纠葛，重视自身的修行和操守，提出“笃学力行”。
在孙奇逢的指导下，他编写了《洛学编》，这是一部记传体的理学发展史。他还集资在家乡修起了睢州学官、建立绘川书院，招收子弟讲学兴道，并主持编写了《睢州志》。
康熙十七年(1678)，清廷诏举博学鸿儒。魏象枢、金鋐等朝中大臣力举汤斌。
在郡县官吏的催促之下，他驾牛车入都，投宿于“数椽不蔽风雨”的僧舍，绳床破被，“终日杜门，危坐斋中”，前来拜访的官员都慨然叹道：“犹是山中学道人面目也。”
翌年应试取中，殿试后被康熙帝亲点为甲等，补翰林院侍讲，命纂修明史。他仍然力主取法宋史，秉笔直书，不惮忌讳，以“落落劲抗”名于朝中。
康熙二十年(1686)八月，汤斌主持浙江乡试，所取多是家境贫寒的读书人，浙人称该科为“孤寒吐气”。他复出后的举动，深得康熙帝器重，指派其为经筵侍讲讲《易经》，并主纂《两朝圣训》。
汤斌是清初理学名臣，其理学思想对康熙皇帝影响很大。
时清廷欲大力倡导理学，然朝臣中对理学观点持论不一，或程朱、或陆王，纷纭胶葛，议论芜杂。
康熙二十二年(1683)四月九日，康熙帝召汤斌至乾清宫，“天语良久”，商讨此事。
康熙帝闻言频频点头。
先是，康熙帝对于理学各派独推重朱熹，认为其学说浅近务实，然苦于难以平息朝中议论。自汤斌意见提出后，他部分接受了其主张，并利用它平息朝中持续已久的争论。
3、“豆腐汤”的故事康熙二十三年(1684)，汤斌迁升内阁学士兼礼部侍郎，同年出任江苏巡抚。
是年睢宁、沭阳、邳州水灾，难民涌入苏州城内，混乱不堪。适逢康熙帝南巡，制府官员见苏州城灾民塞户，道路甚隘，便下令拆毁民居以拓展“御道”。
汤斌见状力止，云：
“圣天子问民疾苦，故有是行也。若之何使民无宁居乎？”
驾至，汤斌启奏，陈明原委，康熙帝甚喜，即批准报蠲睢宁等处赋税银数千两，并赐以御书、蟒裘等物，表彰其嘉言懿行。
苏松地区富甲天下，汤斌上任后从吏治入手，戒府、道官员不得受属下馈赠。他“为政简静，令出期于必行”，执法极严。同时，他“恤民隐，植纲常，兴教化”，几个月间，在除耗羡、严私派、清漕弊、省狱讼、汰蠹役、杜请托、行保甲、革匣费等方面做了大量工作，很快使吏治一新，乃至过往官吏皆“迅棹疾行，未尝烦斗米之馈”。
自古吴中“民俗豪侈”，且嫖赌打斗乃至拐卖人口成风。
经汤斌倡理教、兴义学、严刑令一番治理后，“巷无游民、寺无游女，农租商课，输纳以时。吏民散（玩）法者，咸洗手敛迹”，民间陋习大为减少。
时吴中多寺庙，四时香火不辍，又以楞伽山（俗称上方山）的五通神祠为甚。当地人形容上方山为“肉山”，称山下石湖为“酒海”。青年妇女有疾，必曰“五通神将娶之”。奸巫淫尼骗人闺阁，竞相煽惑，一岁中常有数十人为其害死。
汤斌闻讯后，亲往察看，勃然大怒道：
“鬼神福善祸淫，治幽赞化。若祭者免祸，不祭者即降灾，此与贪官何异？若每岁娶妇，直一淫昏鬼耳。”
当即下令将木偶焚毁，土偶投入湖中，拆毁五通祠，将木材砖瓦移建学宫，修葺城垣。当地百姓“始而骇、继而疑，终乃贴然大服”。自是吴风大变。百姓们因他施政宽严有度、治绩卓著，谐送一外号曰“黄连半夏人参汤”，又以其自奉简朴称为“豆腐汤”。
4、明珠的“眼中钉”当时朝中明珠与佛伦、余国柱等结党乱政、朋比为奸。
汤斌接任江苏巡抚时，前任布政使龚其旋以亏欠库金被御使陆陇其参劾，龚以重贿买通余国柱，托其在明珠面前求情掩罪，事乃得缓。
余国柱曾与汤斌为同年友，因其秽行被时人骂为“余秦桧”。
他得知汤斌出抚江苏，便欲行贿为龚掩罪。汤斌铁面无私，对龚按治如律，致使二人怀怨，寻机报复。
不久，汤斌报蠲江南灾区税银获准，余国柱又趁机敲诈，声称此事全靠明珠之力，责令汤斌私送四十万两“酬谢银”。
属吏们深知个中厉害，好言相劝，汤斌正色答道：
“民有银宁不完国赋而入私门乎？吾宁旦暮斥，不忍见若等剥民媚权贵也。”
余国柱遭断然拒绝后愈加忌恨，利用汤斌奏疏《奏销斗役食》再启衅端。
斗役即苏松掌仓库役隶，每岁不下六七百人。吴三桂叛清时裁以充饷，后议复未批，实则仍照数支给，其中多有虚报弊端，汤斌认为系冗员议裁。余国柱以“蒙混奏请”为借口，大肆攻劾，吏部惧明珠势力亦附议革职。
康熙帝阅奏章后甚为愠恼，曰：“尔等不欲世有清官耶？而尚议汤斌乃尔耶？”下令免议汤斌之罪。
不久，康熙帝特授汤斌为礼部尚书，管詹事府，侍讲皇太子并准以绿头牌奏事。
汤斌去任将行，江苏百姓罢市，聚至辕门外叩留。启程时，百姓抱马腿泣留，遮道焚香，拥送者不绝。
汤斌于二十五年(1686)闰四月抵京，任《明史》总裁，是年大旱，康熙帝下令百官议抗旱之法。
灵台郎董汉臣应诏言十事，语侵内阁，一时非议迭起，内阁官员深文参劾，指斥其“越职希富贵”，拟旨下刑部究主使。
在明珠等人授意下，大学士王熙甚至提出：“市儿妄语，立斩之，事毕矣。”
康熙帝坐朝审理此事，百官噤若寒蝉，独汤斌挺身奏道：“汉臣无罪。”他不颤余国柱等人拦阻，厉声道：“上因旱求言，汉臣应诏言事无死法。大臣不言而小臣言之，反罪言者，如此心何？”康熙帝当即赦董汉臣无罪。
自汤斌还朝后，因治河问题其意见与总河官员相抵牾。他不惧明珠一伙作祟其间，从全局考虑，提出“闭六壩”的建议，亦获准。对此，明珠一伙更加惴惴不安，深恐隐私被揭，倾轧之心愈烈。
