万历皇帝之所以要清算张居正，主要来自于几个方面：
一是打破既有的政治格局，为自己亲政创造条件，张居正执掌朝政十多年，的确创造了万历中兴的局面，但是世上只有张居正没有万历，对皇帝而言，臣大主小意味着风险和无能。
二是文官集团的驱动。张居正的“考成法”让万历朝上千人丢官失业，他们对张居正恨之入骨，尤其是张居正与宦官冯宝的结合，在他们眼里有失正统，历来宦官就是文官集团的眼中钉肉中刺。
万历清算张居正，却保留“一条鞭法”，李太后为何也不吱声？
三是万历皇帝要组建新的权力核心。都说万历怠政，实际上万历皇帝并非一个“酒色财气”的皇帝，多是后世修史者对他的诬陷，“万历三大证”就说明他本身并非怠政，《明实录》就万历皇帝从亲政到驾崩都有详细的记载，尤其是兴修水利，改革军制，强化税改，组织救灾赈灾等各个方面，万历都有很明确的作为，从万历皇帝的表现来看，张居正的强势让他对文官集团产生了忌惮，所以，在比如开征商税和矿税等方面，他大肆运用宦官，绕过文官集团。
万历清算张居正，却保留“一条鞭法”，李太后为何也不吱声？
还有人说张居正与李太后有私情，触及到万历皇帝的敏感神经，这纯属于猜测，没有历史依据。隆庆皇帝死的早，只干了六年，万历皇帝即位，当时只有10岁，算是一个幼主。隆庆让高拱当首辅，高拱专权霸道，对幼主及其母亲李太后产生威胁，于是，张居正联合万历的“大伴”太监冯宝，推翻了高拱，形成了张居正、李太后、冯宝利益结合的铁三角局面，也正是在这种格局下，张居正才有了改革的空间和时间，推动了万历时代的中兴改革。要知道，在大明朝的中后期，要形成皇室宦官文官集团思想的统一，是很难很难的，没有思想的统一，莫说是改革，内斗内耗就没完没了。
万历清算张居正，却保留“一条鞭法”，李太后为何也不吱声？
张居正死后，除了“一条鞭法”，张居正其他的改革措施都被推翻，为什么会是这样？如果说张居正改革都是错误的，那么为什么又保留了“一条鞭法”？
“一条鞭法”无非就是税制的改革，其核心是税收货币化，这其实给明朝收税带来了更大的便利，而作为“一条鞭法”的前提，丈量土地，才是核心中的核心，要是土地丈量没有搞清，税收依然混乱。但是，丈量土地自王莽改革起，中国历史上没有哪个王朝真正搞清楚过，为什么呢？因为土地兼并太严重，土地都被集中到豪强或者官僚手里了，这些豪强和官僚享受着各种优惠条件，几乎就不纳土地税，那么，按照“一条鞭法”核定下来的税收，就被分摊到普通农民土地上了，农民的税收就增加了。好在明朝开始的农业税率十分低，只有“三十税一”的标准，所以，“一条鞭法”实施后，用银子代替实物，对于普通老百姓而言，虽然有所增重，但是还缴得起，便没有发生农民的反抗，怨声载道倒是常事。
万历清算张居正，却保留“一条鞭法”，李太后为何也不吱声？
故，“一条鞭法”并没有真正触及到大地主大官僚以及豪强地主的根本利益，所以，得以保留。
而张居正真正改革的核心却并不是“一条鞭法”，而是对官员的“考成法”。按照张居正的改革，在京官员每六年考察一次，号“京察”，地方官每三年一次“大计”，通过考成法，对已渐腐败的明朝官吏给予约束和管理，史载张居正考成法一出，年有一千多官吏被罢免，对文官集团的腐败是一种矫正和打击。
万历清算张居正，却保留“一条鞭法”，李太后为何也不吱声？
考成法才是推动张居正改革的核心因素，如果不首先解决文官集团的腐败和作风问题，那么张居正的改革就和王安石的改革一样，最后流于形式，无疾而终。
当万历皇帝清算掉张居正和冯宝的时候，突然发现，文官集团并不是自己想象的那么简单，他们除了满口的道学和理学，要求皇帝象征性的“坐朝论道”而外，所谓朝政大事，交给贤能的官员去干完全就是架空皇帝。万历皇帝在文官集团一派独大的情况下，只好躲避不见，而此时，他的母亲李太后，却再也没有表现出张居正时代的强势，放任万历而不管。
为什么李太后会有此举动？
万历清算张居正，却保留“一条鞭法”，李太后为何也不吱声？
一是因为铁三角的局面已经破坏，万历皇帝已经亲政，所谓儿大不由娘，李太后根本无法左右万历皇帝的想法。张居正在的时候，李太后可以依赖张居正和冯宝达到利益的统一，皇帝年幼，作为监护人的李太后自然能有所作为。
二是文官集团推翻“考成法”后，形成一党独大的势力集团，万历皇帝在清算张居正后又清算了冯宝，使得李太后根本缺乏制衡文官集团的力量，就算她想管，也根本管不了。
