而董卓见王允有谋略才华，对自己又是忠心耿耿，对王允很是信任，一时间王允成了董卓的心腹亲信，这也为王允更好的铲除董卓提供了便利的机会。
首先王允要做的就是控制住一部分的武装力量，为压制董卓的兵力做准备。王允联合司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人共同商议诛*董卓的计策，并且众人极力推荐羌校尉杨瓒行使左将军的权力，同时举荐执金吾士孙瑞担任南阳太守，便于掌握地方的武装势力。
士孙瑞等人打着讨伐袁术大军的旗号带领兵马出道武关，但是董卓生性多疑，士孙瑞的做法引起了董卓的不安，于是王允顺从董卓的意思把士孙瑞留在都城，将杨瓒改为尚书。
公元192年（初平三年）春天，自然灾害频繁，连续下了两个多月的雨。于是王允、士孙瑞在登台祭祀祈求神灵的时候，再次商量铲除董卓。王允建议可以找个内应，来个里应外合将董卓一举拿下。于是吕布成了王允的内应的首要人选。
当时董卓因害怕各路诸侯军阀派人来暗*自己，因此一直让自己的义子吕布陪伴在左右，吕布是董卓的心腹。王允洞悉了董卓与吕布之间存在很深的矛盾，吕布虽然是董卓的义子和心腹，但是由于董卓的残暴多疑，吕布一直都战战兢兢的，而吕布又与董卓的一名爱妾有染，更是害怕董卓发现会*了自己，于是有了反叛董卓的心思。
而王允就是抓住了这一点拉拢吕布，向吕布抛出了橄榄枝，劝吕布不要认贼作父，要为了大义铲除奸佞。在王允的劝说下两人一拍即合，在伐董这件事情上达成了一致的战线。
王允等人如今各项准备已经充分，缺的就是一个时机。同年四月，汉献帝大病初愈，王允等人借着朝廷百官在未央宫恭贺天子大病初愈龙体安康的机会，安排吕布和骑都尉李肃等人带领十多名心腹亲兵装扮成宫中侍卫的模样在宫殿两边侧门潜伏，当董卓在侧门出现时直接拿下。此计策很是成功，董卓就这么在绝望中被吕布所*，并且株连三族。
董卓的死让天下人都很是欣喜雀跃，而王允顺应时代的潮流斩*佞臣董卓的英雄举动受到了天下人的称赞和朝廷的封赏。
此时此刻的王允可以说是大汉王朝的救命英雄，若是按照正确方向发展的话，王允可以带领汉朝的臣子们恢复大汉王朝往日的兴盛景象。
但是王允的智商却和他在设计诛*董卓之时判若两人，做了两件最不该做的事，不仅让汉室朝政更加的混乱不堪，也将自己推进了死亡的深渊。
