西安百塔寺全景,西安木塔寺高清图

北宋金石学家张礼在《游城南记》记载：百塔寺在梓谷(即天子峪)口，唐信行禅师塔院，今谓之兴教院，小塔累累相比，因谓之百塔。"可见宋时百塔寺规模犹存。

不过到了明代有人记载有：百塔寺，本信行禅师塔院。山畔，唐裴行俭妻库狄氏葬塔尚存。余小塔，《记》(指张礼《游城南记》)所谓累累相比，“谓之百塔”者。今止存三五而已。

清同治元年(1862)南山一带诸多寺院均毁于战火，百塔寺亦未能幸免。民国初年，该寺残墟犹存，规模已大不如前，只留下北门城楼(即山门)垣墙、古树、照壁依然可观。