中国农业科学院是国家级综合性农业科研机构，担负着全国农业重大基础与应用基础，应用研究和高新技术研究的任务。目前已发展成为拥有34个直属研究所与9个共建研究所、超万名职工、在国际上有重要影响力的国家级综合性农业科研机构，其中有5所分布在江苏。
1.中国农业科学院甘薯研究所
- 中国农业科学院甘薯研究所位于江苏省徐州市，始建于 1910 年，又名徐州市农业科学院、江苏徐淮地区徐州农业科学研究所、江苏徐州甘薯研究中心，前身为中国农业科学院薯类研究所，1962 年撤并至徐州农业科学研究所，2002 年加挂“中国农业科学院甘薯研究所”牌子，实行中国农业科学院与江苏省共建（以江苏为主的管理体制），现为国家甘薯改良中心，国家甘薯产业技术研发中心。
- 甘薯研究所目前已成为淮海经济区人才荟萃、专业齐全、成果丰硕、科研优势和区位优势突出的综合性农业科研机构，在农业部“七五”、“八五”和“十五”连续三次科研实力综合评估中，均被评为全国“百强研究所”。 在“十一五”综合评估中，全国六百多个地区级科研单位我院名列第三。
2.中国农业科学院蚕业研究所
- 中国农业科学院蚕业研究所位于江苏省镇江市，成立于 1951 年，时称华东蚕业研究所。1995 年增挂“江苏省蚕业研究所”牌子。2001 年与华东船舶工业学院（现江苏科技大学）合并。
- 中国农业科学院蚕业研究所是以桑、蚕、茧为主要研究对象的国家级研究所，在国际上享有较高知名度。中国农业科学院国家蚕种质资源保存中心挂靠于中国农业科学院蚕业研究所，是我国乃至世界最重要的蚕种质资源保存单位之一，也是世界上目前一地保存蚕种质资源数量最多、资源类型最丰富的蚕资源保存单位。
- 据2017年11月研究所官网显示，研究所拥有科技人员88人，设有1个江苏省重点学科、1个二级学科博士点、1个一级学科硕士点、1个二级学科硕士点和1个专业学位硕士点；设有3个国家级平台、1个农业部重点实验室、1个农业部质检中心、1个农业部野外观测站、2个农业部研究室、1个江苏省基因库、1个中国农业科学院重点实验室、3个研究室、2个挂靠单位。
3.中国农业科学院家禽研究所
- 中国农业科学院家禽研究所（暨江苏省家禽科学 研究所）位于江苏省扬州市，组建于 1959 年，是我国家禽研究领域的专业科研机构。2002 年 11 月实现与中国农业科学院的共建。
- 在2007年全国1241个农业科学研究与技术开发机构综合科研能力评估中列第三十九位。
- 据2017年10月研究所官网显示，研究所形成了种质资源、质量安全、蛋鸡育种、肉鸡育种、水禽育种、特禽育种、饲料营养、禽病防治、信息产业经济、环境控制和公共基础等十一大研究学科， 开设了8个二级学科硕士点。
4.中国农业科学院中国农业遗产研究室
- 中国农业科学院中国农业遗产研究室位于江苏省南京市， 成立于 1955 年 7 月，1978 年更名为中国农业科学院农业技术史研究室，1984 年更名为中国农业科学院—南京农业大学农业遗产研究室。1999 年，划转给南京农业大学管理，保留 “中国农业科学院中国农业遗产研究室”牌子。
- 以农业历史文化和农业文化遗产保护研究为主攻方向，研究室以农业历史文化和农业文化遗产保护研究为主攻方向，立有中国唯一的农业史博士学科点和博士后流动站，创办中国高校第一个以农业历史文化为主题的“中华农业文明博物馆”。
5.中国农业科学院农业部南京农业机械化研究所
- 农业农村部南京农业机械化研究所前身是1934年中央农业实验所时期成立的病虫机械实验室，1957年独立建制，是中国农业科学院九大学科群中农业工程学科群的主要依托单位之一，是农业工程科研领域国家级研究所。建所前后发明的具有世界里程碑意义的水稻插秧机、机动喷雾机代表了当时我国农业机械研制的先进水平。
- 研究所建有国家级博士后科研工作站、农业农村部现代农业装备综合性重点实验室、农业农村部南方种子加工工程技术中心、江苏省农作物收获装备工程技术研究中心、江苏省施药技术和装备工程技术研究中心等国家及省部级科研平台，设有国家植保机械质量监督检验中心等国家及行业检测中心。
- 根据2020年4月研究所官网招生简章显示，农业农村部南京农业机械化研究所共有1个二级学科博士学位点和4个二级学科硕士学位点。
