清代，大佛寺逐渐衰落，康熙二十六年（公元1687年）四月,卧佛佛顶又一次脱落，雍正二年（公元1724年）卧佛关键部位金面塌落，当地官员和寺僧善信分别进行了补塑。在经过了600多年风雨沧桑后，大佛寺主殿大佛殿于乾隆十年（公元1475年）倒塌，卧佛像受到重创，当时寺院住持思宗及功德主秉仁及合郡军民将大佛殿改式重修并对卧佛塑像进行了重新塑造，于乾隆十二年（公元1747年）四月进行了装脏。《乾隆十二年重修卧佛殿碑记》载：“甘肃张掖郡弘仁古刹有古卧佛遗迹……今大清乾隆十年佛殿倾颓，主持思宗及功德主秉仁等募化合群官员军民共助檀波，桐月筑基改式重修三层楼阁，仍塑卧佛金身，丁卯梅月装脏 ……”。这次重塑装脏是封建王朝对卧佛最彻底的维修也是最后一次，在进入民国纪元的160多年中，只有光绪三十一年（公元1905年）和宣统三年（公元1910年）对大佛寺进行了维修彩绘，但对卧佛没有多大影响。
民国至解放前大佛寺数度沦为兵营，大佛寺建筑、塑像及文物遭到严重破坏或遗失。1966年北京西城区房山技校红卫兵来张掖串联，在大卧佛塑像腹部抛开一个洞，倾出装脏文物，后经补修，但痕迹至今明显。
二、卧佛神韵
大佛殿面阔九间，卧佛塑像占据了七间，基本保持了乾隆十年（公元1745年）维修后的原貌，头北脚南，面西侧卧于殿堂中央1.3米高的须弥座台基之上。
卧佛全图
佛像须弥座台基平面呈半哑铃型，长35. 3米，进深5.5米，卧佛正身部分（明间、次间、稍间）向内缩进1.2米。须弥座台基束腰墙体由三层条石砌筑，墙体下开有通风口，上有木制框架包边压面，正面雕有莲瓣花纹。台基内底部沿佛身开有散潮沟与墙体通风口相通，沟上覆盖圆形磨盘石，上铺方形枕木，构成台基底面。80年代初维修大佛殿时，将缩进部分用三层雕花青砖砌筑，其中明间、次间下层花砖雕刻花卉纹饰，上层雕刻成古典家具的抽屉样式，台面用水泥抹面，形成了一个长方形供台。2008年大佛殿修缮时，剔除了供台水泥面，改铺木板，既展现了清代台基，又保留了维修痕迹。
卧佛供台局部
整尊塑像运用古建筑技术将木料搭设成类似房屋的木构架，其中正身9间，加头部、脚部计11间，分上中下三层。木构架之间用梁、枋构件连接，构架结构，大木架外满钉木板，形成塑像木胎。木胎上捆绑草绳，逐层敷抹草泥（棉花泥）塑成五官、四肢及衣褶纹饰等造型，最后贴金着色，这就是我们现在所说的木胎中空泥塑、金妆彩绘。塑像在身后第五尊、第六尊弟子之间开有入口，沿入口梯子向下直接到大木架中部两层平放的悬梯通道，悬梯通道经佛像腹部、胸部、颈部一直通往头部，头部单独设暗室，用于储存比较珍贵的装脏物品。塑像内除台基底部开有通风口，在离地面1.5米高的塑像胸部和腿部也开有通风口，这样非常利于塑像内通风，即便时至今日，塑像内仍能感觉到明显的对流空气。
