明朝万历年间，朝廷赐银重修塔殿，赐额“护国肉身宝塔”。清康熙二十二年（1683年），池州喻成龙重修殿宇，并建有84级台阶。咸丰七年（1857年）大部分殿宇因兵乱被毁。同治初年山洪再次冲毁殿宇，不久又重建。光绪十二年（1886年)，朝廷开始大规模重修肉身塔，并将殿门移至正南方向，门额悬挂“东南第一山”横匾。此外，又建了81级台阶。1914年、1955年和1981年，殿宇再次重修。
如今经过修缮的肉身殿，是典型的塔殿式建筑，上盖铁瓦，四角有宫殿式翘檐，占地面积为705平方米，殿宇高15米，山门朝向西南。站在台阶之下，可见南门厅上方有两块横额。上额书“肉身宝殿”四字，楷书，竖匾四周镶饰立体花边，无署款；下额书“东南第一山”五字，行书，民国八年(1919年)闰七月青阳人施玉藻题。上署“浙江慈裕县信士董东海、董东福久感地藏王威灵，以助夙愿。”
沿81级台阶拾级而上，除了可见栏杆外的花圃外，还会在东侧看到石碑《地藏圣迹碑记》，为明万历年间刘光复所撰写，记载着地藏的神迹。附近与塔基相平处横著一块巨石，南面横刻着“磐石常安”四字，意思是祝愿塔殿永久坚固之愿；北面刻着“神光异彩”四字，为记神光岭地名由来和地藏用语。长条石两旁分置石狮一尊，为清光绪年间雕刻。
上完台阶，来到殿前，但见四周回廊上方雕栋画梁，以仙鹤、糜鹿、牡丹等珍禽异卉雕饰，鲜艳夺目。共立有石柱20根。南北檐下石柱上均刻有对联，北边石刻是：“誓度群生离苦趣，愿放慈光转法轮”。南边两联，一幅写道：“福被人物无穷尽，慧同日月常瞻依”；又一联写道：“心同佛定香火直，目极天高海月升”。
两联的首字，连读是“心目福慧”，表示僧尼心目中依靠地藏、修到“福慧”二字。“慧”即觉悟成佛，“福”即是佛寺兴旺发达。
殿宇面阔3间，进深16米，地平铺汉白玉石。中央为1．8米高的汉白玉塔基，上矗七层八方木质宝塔一座，高17米。塔的每层八面背有佛龛，每龛均供奉金地藏金色坐像，供56尊，大小不一，塑于清光绪十二年(1886年)。塔内是地藏肉身所在的3级石塔。南北前后均供奉地藏像。木塔东西两仍分塑十殿阎罗参拜地藏站像，金碧辉煌。肉身殿内有塔，构造罕见。塔前悬著镂空八角琉璃灯，不分昼夜，终年灯火长明。
塔北门廊下，有黑底、金字的小篆横匾，写的是地藏誓言：“众生度尽，方证菩提；地狱不空，誓不成佛”，为北洋军阀政府总统黎元洪所书。在此远眺，周围美景尽收眼底。
殿前的东西厢房，底层均有房间。东厢数间，为客堂和僧人寮房。西边数间，原为“佛教文物陈列室”。今日的肉身殿，依然是朝山进香的香客和游览九华山的游人必到之地。地藏王保存了千年的不腐肉身，似乎在向今天的人们昭示著“世上的确有佛的存在”。
