2002年并入中国南方航空公司
2002年，我国开始了民航业进行*。这其中最主要的内容就是6大航空公司的整合。其中涉及到北方航空的*如下，以中国南方航空集团公司为主体，联合中国北方航空公司和新疆航空公司，组建新的中国南方航空集团公司，总部设在广州市。*后，中国北方航空公司正式更名为“中国南方航空集团北方公司”，并统一使用南航的标志，北方分公司总部设立在原北方航空总部驻地辽宁沈阳。
为什么会选择合并？
2002年，中国的改革开放已经进行了20多年，与此同时民航业竞争也日趋激烈，我国民航业出现了诸多问题。例如由于航空公司较多，运输能力布局分散。由于没有形成规模效益，成本居高不下。由于航空企业过度竞争，当时我国多数机场、航空公司长期处于亏损状态，各家公司都出现了资产负债率高等众多的行业问题，于是才有了我国的航空产业的大整合。当然这也是央企整合的大战略，并不以地方城市的意志为转移。
为什么不是保留北方航空
有人说为什么不是中国南方航空并入中国北方航空，设立中国北方航空公司，总部设在沈阳。这个答案还是要从经济的角度去回答，改革开放20多年后的中国，我国南方展现出来的经济活跃能力和人口吸引力已经远远超过了原来的老工业基地东北。以沈阳为代表的传统工业城市，已经很难与蓬勃发展的广州、深圳、上海、杭州、南京等南方城市相比拟。北方航空并入实力更强的南航，与总部设在西安的西北航空并入位于上海的东方航空一样好理解。
央企总部意味着什么？
有人说不就是一个航空公司的总部吗？有什么了不起的。如果你是这么看待中央企业总部的话那就错了。我国一共只有90多家中央企业，大部分都是所在行业的巨无霸。例如总部设在长春的中国一汽，年营业收入超过6000亿元，鞍钢集团的营业收入也有2000多亿元，都是世界500强企业。即使是在疫情之下，中国南方航空2020年的营业收入也有925亿元。更为重要的是她可以为总部带来数量庞大的税收收入、高端就业岗位等，这些也是沈阳最为需要的。
