爱丽丝毅然决定扔掉血清，以清除T病毒的丧尸。面对着蜂拥而至的丧尸，她毅然把血清试管扔碎在地上。随着空气传播，血清净化了T病毒，使得受感染的丧尸得到了应有的清算。看着眼前发生的一切，爱丽丝眼中没有恐惧，更多的是使命感和释然。这一切终于结束了，直到所有丧尸都被清理干净。爱丽丝卸下重担，缓缓闭上了眼睛，因为她也是受T病毒感染的一员，即便身死也要拯救这场生化危机。她是救世主的完美答案，即使没有人知道。
回到两个小时前，爱丽丝和幸存者们正在前往蜂巢，巨大的核弹坑揭示了伞公司的罪行。核弹并没有摧毁深埋地底2000米的蜂巢，而蜂巢的入口恰好暴露在弹坑里面。众人已准备就绪，却不知道一旁正躲着死里逃生的艾萨克斯博士。
爱丽丝作为一个生化战士的直觉，已隐约感到不妥，随即果断拔枪严阵以待，果然地狱犬已寻迹而来。当出现一两只时，预示着后面会有更多，众人选择了逃跑，但仍有一位队员被扑倒领了盒饭。
待众人逃到蜂巢入口处时，地狱犬却不敢追进来，原来是因为里面有更可怕的生物。生化生物竟然有种族压制的设定。再回到这里，威克斯看爱丽丝等人毫无压力，继续让红后增加了通关难度，绞肉机螺旋阀门正在缓缓关闭。
爱丽丝等人通过有惊无险，而通过蜂巢的进气排扇口时，即使爱丽丝拼命救援，一位女子队员还是领了盒饭。通过通风管道时，另一名男子队员也领了盒饭。而爱丽丝和克莱尔两人也中了陷阱，掉进了不同的通道。
爱丽丝掉进了伞公司的实验室，很快遭遇了生化怪物"无皮者"，虽然攻击力高，防御力却很有限。在爱丽丝的双枪下，也只能撑三秒。
爱丽丝刚解决完生化危机，克莱尔的男友却刚好出现。随后两人来到了蜂巢红后的控制室，爱丽丝看着熟悉的场景回忆起了往事，这里还保留着前作战小队的装备。爱丽丝随即用装备开启了控制室，控制室缓缓下降，控制室底下竟然是一个大型冷冻室，里面低温封冻着伞公司的高层精英。爱丽丝想要炸毁这一切，并提前安置好前作战小队留下的炸弹。
原来红后已经告诉爱丽丝，艾萨克斯博士才是这场危机的主导者。博士认为人类的过度增长、战争和工业化的发展会让地球不堪重负，需要进行一次大清算。伞公司高层只需要在冷冻舱里等待，而T病毒的释放就是这场清算的开始。回到这里，威克斯正在唤醒沉睡中的博士本体。原来，威克斯也只是博士的打工仔。
