1943年，现代名僧应慈法师应沉香阁住持苇乘之请，驻锡沉香阁，在这里首先开讲华严初祖杜顺（557-640）所著《华严法界观门》，从此，慈云寺（沉得阁）成为应慈汉师在上海弘扬华严宗的道场。
应慈（1872-1965年）法名湿亲，安徽歙县人，26岁在普陀山出家，28岁在宁波天童寺受具足戒，后到金山、高旻、天宁等寺参学，依明性、寄禅、大定、月郎、冶开等名僧为师，后随月霞法师研究《华严经》，毕生致力于宏扬《华严经》教义，对近现代华严宗的传播影响很大。
1989年落实宗教政策，开始边修复边开放。经上海市佛教协会与市文管部门研究，决定按照明清古建筑格局修复沉香阁。
经过五年整修，沉香阁又重现了明清时期的旧貌。四柱三间三牌楼的山门，基本保存了原有的石柱和部分构件；天王殿正中奉天冠弥勒、韦驮、四大金刚；大雄宝殿中奉卢舍那佛、文殊、普贤、梵王、帝释，两旁为十八罗汉坐像，扇墙后为海岛观音；后殿为全寺主体建筑“沉香阁”——观音楼。前后三进，两边耳房为配殿、僧寮，结构完整，布局紧凑。
沉香阁的东部，建有一幢综合楼。楼下是能供二三百人用餐的斋堂，在佛教节日和香期中，为佛教信徒们供应有广东风味的素斋。
在二楼上，还设有一个小巧精致的餐厅，古色古香，装饰有贴金的宝相花图案。尤其是一幅精美的壁塑，按河南巩县石刻原样复制的北魏“帝王礼佛图”，更显得古雅庄重。
修复后的沉香阁为上海最大的比丘尼丛林。沉香阁住持观性法师。1992年10月15日，沉香阁修缮一新，隆重举行观音像开光，观性法师升座典礼。
