进入大殿后的宽敞天井，空地上有一座三层铜制宝鼎和一对石灯台。广场周围建筑都是两层楼阁，东西两厢的楼上东边是专供海外女宾来寺院时的四套客房，按春夏秋冬季节特点布置有明式床寝家具，但配有现代化的卫生设备。西楼上是沉香阁常住比丘尼们的寮房。楼下东庑是客堂，千手观音殿和伽蓝殿，伽蓝殿内供有一尊明代木雕伽蓝神关羽像。西庑是祖堂，祖堂内供着沉香阁(慈云禅院)历代祖师莲位，和1943年起即卓锡于此、并一生弘扬《华严经》的“华严座主”应慈法师的莲位。
天井正面的建筑，可以说是全国独特的。从庭院向上看，正中四根立柱架起一重飞檐，檐上一个悬空亭阁，东南西全部落地窗。这就是全国闻名的沉香阁的阁，赵朴初居士为之题额为“南海飞渡沉香大士宝阁”。登两侧的楼梯而上，立即可闻到芳香馥郁，到此方是真正的沉香阁。虽然名称为阁，实际上，阁只是凸出向外的十乎方的小阁，放几把明式单背的椅子和高脚花几而已。
沉香阁以供奉沉香观音而闻名。观音由整块沉香木雕就，精工细作，线条流畅，造型别致。观音像呈坐势，屈右足，右手垂于膝上，左手支撑，头微侧，作凝思之状，姿态优美，故又名“如意观音”，其文物、艺术价值极高。观音像供奉于阁上，阁为明代所建，建筑形式独特，被列为全国重点寺庙之一，又是市级文物保护单位。
《隋书》记载，隋时有使出访马来诸国，其中赤土国赠沉香观音，使者回国晋见隋炀帝时，在淮河遇大风，船翻像沉。至明时为上海豫园主人潘允端所得。沉香观音沉于淮河千年未坏，却毁于“十年文革”，现在的沉香观音系香港信徒捐赠的。观音阁两庑左为伽蓝殿，供关羽，其左关平捧印，其右周仓持刀。右室有40臂观音，此为简式千手观音。
