据泰山学者周郢介绍：目前所知的较早关于肥城穆柯寨的记载是清朝泰山学者唐仲冕所作的《游牛山小记》， 其中写道“北峰西为木头塔，传为黄巢负隅之处”；在光绪年间的《肥城县志》上也有“牛山西岭为木阁砦，又名木阁塔，俗传为黄巢负隅之所”的相关记载。说明牛山的穆柯寨应该是唐代黄巢起义的山寨遗址。可能后来由于牛山木阁寨之名与《杨家将》故事的穆柯寨读音相近，加之穆桂英的故事广为流传，牛山黄巢木阁寨就逐渐演变成穆桂英的穆柯寨了。
据史料记载，唐朝末年，黄巢领导的农民起义军在长达15年的转战中，曾先后两次经过肥城境内，牛山穆柯寨应该就是此时起义军所修，这便是穆柯寨的雏形。另据《肥城县志》记载，清朝咸丰十年，太平军一部北伐时路过肥城，当地的许多百姓逃到牛山上躲避兵祸时重修了穆柯寨的寨墙，这就是我们今天所看到的穆柯寨。
