爱琴海位置图
爱琴海的岛屿可以划分为七个群岛：色雷斯海群岛、东爱琴群岛、北部的斯波拉泽斯群岛、基克拉泽斯群岛、萨罗尼克群岛、多德卡尼斯群岛和克里特岛。爱琴海的很多岛屿或岛链实际上是陆地上山脉的延伸。一条岛链延伸到了希俄斯岛，另一条经埃维亚岛延伸至萨摩斯岛，还有一条从伯罗奔尼撒半岛经克里特岛至罗德岛，正是这条岛链将爱琴海和地中海分开。许多岛屿具有良港，不过在古代，航行于爱琴海并不是很安全。许多岛屿是火山岛，有大理石和铁矿。
爱琴海
克里特岛是海中最大的一个岛屿，面积8000多平方公里，东西狭长，是爱琴海南部的屏障。克里特岛上有大面积的肥沃耕地，但是其它岛屿就比较贫瘠了。
克里特岛米诺斯神殿
土耳其和希腊在爱琴海领空、一些岛屿主权的归属问题和爱琴海大陆架划分问题上存在分歧。
希腊在爱琴海拥有的岛屿，北起萨莫色雷斯岛，南至罗得岛绵延数百海里。这些岛屿距希腊本土约10—200海里之遥，而距土耳其仅有10 海里乃至1海里。由于领海界线有6 海里，希腊海域占据了爱琴海面积的43.69 %，而土耳其海域仅占7.46 %，其余48.85 %属公海区。希腊岛屿紧靠土耳其海岸线，目前存在的中间线过度地限制了土耳其大陆架宽度，仅给土耳其留下一片十分狭窄的大陆架。对此，土耳其一直持有异议。
希腊和土耳其
爱琴海中希腊岛屿面积不超过500平方公里，总人口不超过50万，而土耳其延伸大陆架具有较大区域面积，其岛上有80万人居住，这种人文地理状况使土耳其在划界中更具有理由要求扩大其大陆架面积。由此土耳其在谈判中主张排除岛屿因素，遵循大陆一大陆基线划出一条新的中间线。
希腊大部分岛屿分布在爱琴海，直接关乎国家领土、主权问题。对土耳其而言，爱琴海是其从北部和西部出入地中海的通道，保证爱琴海航海和航空自由权，对土耳其来说具有重要战略意义。
