两日游是三清山最经典的路线，也适合大部分的游客，因为索道票往返需要125，虽然门票可以两日通用，但建议还是住宿山顶，不过山顶宾馆不多，也就是四五家可以选择，性价比较高的是日上山庄，地理位置不错，床位也多，处于山顶整个景区的中间，无论走哪一边都方便，而且离南部索道上站很近，缺点就是酒店比较老，设施不够新，此外新开的女神宾馆，处于东部索道上站附近，地理位置也不错，但价位比较高，另外还有几家都是小旅馆性质，如巨蟒山庄和一线天客栈，虽然价格便宜，但条件一般。
三清山的景区导览图如下：
整个景区两日游的选择很多，具体还是要根据在山顶能有多少时间来定，各景区大致游览时间：
南清园景区加女神巨蟒环线4-5小时；万寿园景区环线1.5小时，东南栈道单程2小时；西海岸栈道2小时，东海岸栈道2小时，三清宫景区1.5小时，也就是山顶景区游览时间共需要14小时左右。
两日游路线安排;
D1 外双溪索道上→万寿园景区→日上山庄（办理入住）→南清园景区→一线天→玉台→杜鹃谷→东方女神→巨蟒出山→禹皇顶→老庄论道→浏霞台（日落）→日上山庄。
D2 日上山庄→禹皇顶（日出）→东海岸景区（阳光海岸，途中可登玉京峰）→三清宫景区→西海岸景区→外双溪索道下。
