酱油
说起酱油，学问就大了。日本的酱油，林林总总，不下数百种，一般可分为浓口、淡口、溜酱油、再仕込醤油、白酱油等几个大类。溜酱油、再仕込醤油都属于香气独特、鲜味浓厚的品种，很适合作为刺身的调味酱油使用。此外，酱油再加上各种调味料就变成芝麻酱油、肝渍酱油、梅肉酱汁等，以及适合不同季节食用的四季酱油，具体还要根据刺身原本的食材特性来进行选择搭配。总的来说，酱油的作用是提供咸味、鲜味，调和整体的美味。刺身原料厚的、大的，酱油就应浓厚一些，反之，酱油则可淡一些。
柚子醋
虽然这玩意儿写着是醋，但实际上，它是一种「带酸橘子果汁的醋味混合高汤酱油」。柚子醋日文原名ポン酢，并没有强调必须用柚子来做，几乎所有的柑橘类水果都可以，因为用柚子的最常见所以姑且这么翻译。它的酸味都是由各种橘子类水果提供的，如果作为刺身的蘸料的话，不仅会有一种神奇的清香味道，而且由于味道清爽，不太会掩盖鱼肉本来的味道。
山葵
被国人叫做绿芥末的山葵（わさび WASABI）作为日式调味的代表为全世界所知。十字花科植物山葵是常长在溪水边，喜欢阴湿环境，春天开白色的小花，根茎多为浅绿色。因为山葵人工栽成本、产量少、味道也容易挥发不好保存，因此价格较高。用山葵泥搭配刺身食用似乎是17世纪江户时代才兴起的习俗，开始是贵族才能享用的美味，即便是现在，也只有中高端餐馆才会提供真正的新鲜山葵酱给食客。
新鲜完整的山葵植株并不散发辛辣味道，当根状茎被切开研磨时它包含的芥子酶和硫葡糖苷才发生反应，生成辛辣冲鼻的异硫氰酸酯类化合物。但其香气和辛辣味很容易挥发，必须现磨现吃才能保证风味，溶在酱油里也会减弱味道，所以正统吃法是在鱼生一面蘸山葵酱，另外一面蘸酱油吃，不可以让酱油和山葵预先直接接触，那样会破坏山葵的香辛味道和口感。
膏状山葵酱
山葵酱有膏状、粉状和泥状三种。泥状的山葵酱来自于现磨山葵，是将新鲜山葵洗净后，用细眼刨茸器刮擦成茸，或以鲨鱼皮作砂皮，磨擦成茸，这泥状的口味最好。泥状的山葵酱可以捏塑各种形状，如秋叶形、心形等，然后放在生鱼片旁边，除了起调味作用以外，还能起点缀、衬托的作用，增加美感。粉状的山葵酱要先用水调和以后才能使用，粉和水的比例为1∶2。调和均匀以后，还应当静放2至3分钟，以便其刺激的辣呛味和独特的风味产生。膏状的山葵酱是成品，像牙膏一样，用时挤出即可。由于山葵价格较贵，多数日式料理店常提供类似味道的另一种调味料——辣根。它的根茎是淡黄色，用绿色食用色素调配以后变成浓厚整齐的鲜绿色，和山葵酱那种有层次的淡绿色很好分辨。辣根拥有与山葵相似的辛辣味，不过香气较弱，也没有山葵那种隐约的甜味。不过这并不意味着它就比不上山葵，比如说乌贼这种味道较为清淡的刺身，就与辣根十分相配。
