élie Metchnikoff
19世纪晚期，法国微生物学家Louis Pasteur证实了发酵过程是细菌和酵母菌导致的，其后更由俄国生物学家Elie Metchnikoff（因对免疫系统研究的贡献而与德国内科医生Paul Ehrlich共同获得1908年诺贝尔医学与生理学奖）发现造成发酵的细菌和酵母菌等微生物是有益于健康的。
Metchnikoff建立的理论认为，人体肠道内的微生物（即现在所称的肠道菌群）能影响人体的健康，或能增进健康，或能损坏健康。
1905年，Metchnikoff对东欧贫困地区居民的人均寿命进行了研究，发现很多居民都是百岁老人。这是怎么一回事呢？经过研究，Metchnikoff觉得是这些居民日常食用的发酵酸奶中的细菌与长寿有关。
“他是第一个发表了关于保加利亚人长寿的秘诀是源于他们日常食用的酸奶中的益生菌而不是源于其日常膳食结构的科学家”，McFarland助理教授说，“这个聪明的俄国人发现了细菌对于人类来说并不总是‘坏的’。”
之后，很多科学家都循着Metchnikoff开辟的研究方向继续深入奇妙的细菌王国探秘，其中有一个叫Henry Tissier的法国儿科医生在幼儿的肠道中发现了一种“好的”细菌——现在被称为“双歧杆菌”的细菌。他提出双歧杆菌可以用来治疗腹泻。
然而，益生菌的概念此后在医学界一直默默无闻，直到它在20世纪50年代中期重新在欧洲被提出。McFarland说，“益生菌自此在北欧的斯堪的纳维亚半岛和欧洲大陆流行开来。”
20世纪50年代-80年代：在欧洲为益生菌命名
Werner Kollath
1953年，德国细菌学家Werner Kollath第一次使用了“益生菌”这个名词来称呼为营养不良的病人开出的有助于恢复健康的各种含菌补充剂。“益生菌”这个词语的词源来自拉丁文和希腊文，含义是“有益于生命”。
1954年，德国科学家Ferdinand Vergin用“益生菌”来描述那些对健康有益的“活性物质”。
1965年，《科学》杂志上首次发表了一篇论文，文中用“益生菌”来描述由一种微生物产生的可以促进另一种微生物生长的物质。
1974年，《动物营养健康》杂志发表的一篇论文中所使用“益生菌”的含义跟今天我们所使用的含义完全相同，即“有益于促进肠道菌群的平衡”。
1989年，肠道微生物学家Roy Fuller重新定义“益生菌”的概念为“一种活的微生物膳食补充剂，能对寄主动物产生有益的作用”。
此时，在美国对抗生素的关注度也要比对益生菌的关注度高得多。“抗生素被认为是百益而无一害的”，Shanahan医生说，“70年代时，医生对任何病人的治疗都会开出抗生素，他们根本就没有意识到抗药性和滥用抗生素的其他副作用。直到80年代末90年代初，医生们才开始意识到抗生素也有不良作用，例如会导致细菌产生抗药性、产生超级细菌、*死体内有益的细菌等。”同时，美国人才开始进一步地认识益生菌。
20世纪90年代：益生菌风靡美国
FDA颁布实施DSHEA法案
McFarland助理教授说，“我就是在90年代开始从事益生菌的相关研究的，那时美国很少有人能理解益生菌是什么东西。”
“直到1994年，当膳食健康与补充剂相关的法律颁布以后，允许通过柜台出售各种补充剂产品，这时人们才突然认识了益生菌。很快，益生菌产品就风靡全美。”
1994年，美国食品药品监督管理局（FDA）颁布实施了《膳食补充剂健康与教育法案》，将膳食补充剂由按处方药管理调整为按食品和软饮料管理。
“在《膳食补充剂健康与教育法案》实施前，益生菌被作为肠道用药来管理。因此益生菌的生产需要走FDA的药物审批流程，这个流程既耗时漫长又花费高。”
“而法案实施后，各种所谓的益生菌产品都满天飞，其实很多都不是真正的益生菌，产品的质量也没有按应该遵循的条例进行管理，也就是没有走普通的FDA审批流程，这也是直到今天仍存在的问题。”
21世纪头十年：卫生官员注意到益生菌
WHO和FAO
2002年，联合国世界粮农组织（FAO）和世界卫生组织（WHO）共同起草了《食品益生菌评价指南》，被各国管理部门、学术界和产业界普遍采用。
评价指南中给出了益生菌的定义：“益生菌是活的微生物，当摄入充足的数量时，它会赋予宿主某种健康益处。”
与此同时，政府采取了各种方式来对益生菌和益生元进行管理。所谓的益生元，是能促进肠道益生菌的生长，活化对寄主健康有益的菌丛。
巧克力里添加益生菌，芝士里添加益生菌，面包里也添加，甚至在冰淇淋里也有。
接下来，科学家们就开始致力于研究益生菌是如何对人体健康产生有益作用的，特别是如何影响我们的肠道的。
2010年：关于肠道的大发现
