在执政过程中，克利奥帕特拉的野心不断膨胀，想进一步获得更大的权利，由于遭到当时两位大臣波希纽斯和奥克奇维安联合反对，最终克利奥帕特拉被流放。而托勒密十三世则开始了其在埃及的统治之旅，我们的《刺客信条：起源》的故事就在这样的背景下开始了。
时间来到公元前49年，法老王托勒密开始了在锡瓦绿洲的大型巡游活动，端坐在巨象上的法老王俯视着欢呼的人群，感受着来自锡瓦民众的尊敬。人群中，巴耶克正注视着法老王的一举一动，作为锡瓦地区最受尊敬的“守护者”，巴耶克承担着保护法老王的重任。
巡游过后的第二天，巴耶克带着儿子卡慕进行成为“守护者”的训练，从小跟随父亲长大的卡慕一心想要成为像父亲一样受人尊敬的“守护者”。就在巴耶克打算教卡慕“信仰之跃”时，卡慕的玩伴却被人绑架。目睹这一切的巴耶克岂能坐视不理，赶忙追了上去。
然而，巴耶克此时并没有开启主角光环，在全副武装的重装步兵面前，巴耶克只有招架之力，毫无还手之功，仅支撑了三个回合就被对方重拳击倒。
再次醒来时的巴耶克发现，自己和儿子已经被人绑架到家乡的神庙之中，而眼前出现了五个头戴面具的神秘人物，他们都穿着灰布长袍，戴着铜绿色面具，相互之间用动物的名字作为称呼。
其中有一人被叫做“圣鹭”，他拿着一枚金色的宝珠，说这件东西可以用来打开“宝库”的大门，而巴耶克作为锡瓦的“守护者”，一定知道其中的玄机。可巴耶克对此毫不知情，并请求他们放过自己的儿子。
与此同时，法老也觉察到了这里的动静。为了稳住法老，其中的几个面具人赶到神庙外救场，只留下两人在地宫门口把守。
