上海沦陷后，商务的总管理处迁往重庆，年事已高的张元济则继续留在上海租界处，但他始终拒绝和日伪、汉奸合作。即使生活十分拮据，张元济也没有放弃自己的文化使命，和郑振铎等人一起抢救战火下流落在各地的古籍文献，还创立了合众图书馆。
1945年8月15日，历经8年的全民抗战终于结束，中国也迎来了最终的胜利。因为长期的战乱，商务也濒临*的边缘，年迈的张元济再次扛起商务的大梁，出版了陈寅恪、冯友兰等大师至今都有影响的著作。
1948年9月，张元济因为“主持商务印书馆数十年，辑印四部丛刊等书，校印古本史籍，在学术上有重大贡献”而当选中央研究院第一届院士。
在致辞中，张元济曾表达了自己对内战的十分不满：“我们要保全我们的国家，要和平；我们要复兴我们的民族，要和平；我们为国家要研究种种学术，更要和平！”张元济热爱和平、反对内战的思想也被大家所称赞。
茅盾
值得一提的是，张元济的商务时代，对公司人员坚持大进大出大换血，他强烈反对亲人来商务工作。张元济执意将天下英才揽入麾下，比如说陈布雷、陈叔通、茅盾、黄炎培、邵力子等等，后来成为共产党*的陈云也曾在商务印书馆当过学徒。
纳入这些精英，不仅令商务印书馆的利润大大增加，也令商务印书馆成为继北大之后新文化的重要宣传者和推动者。
清廉、公私分明的张元济张元济是一位经过时代变革洗礼的翰林，他虽然是新型的企业家，但从本质上来看，他仍是传统的文人。家庭的熏陶对张元济的影响是很大的，他不仅将祖上的家训铭牌挂在墙上记在心中，还落实在立身行世中。
张元济一生不嗜烟，不酗酒，只喜欢听听昆曲，欣赏花草树木，没有任何不良嗜好。身为商务印书馆的董事长，张元济和普通员工一样，坚持每天到公司上班。
张元济不仅对公司上层同僚关爱，还为商务印书馆的所有职工建立子女教育基金，以培养低薪职工子女享受高等教育。他认为“无良无贱，无智无愚，无长无少，无城无乡……”
随着时间的慢慢流逝，张元济的年龄也越来越大，他因为身体不好曾请假半年，他坚持减为半薪，但董事会知道后仍全薪支付。张元济只好将这笔存款存入一个固定存折，作为商务印书馆职工子女的教育基金。
令人意外的是，张元济竟然和*一样不主张祝寿。众所周知*不主张贺寿是不想花费太多钱财，但张元济那么有钱，他为何也不主张祝寿呢？
原来张元济和*一样，认为贺寿是劳民伤财的事情。每到生日这天，张元济都会以外出旅游的方式躲避好友的祝贺。朋友们有些过意不去，便在张元济70大寿那年，由蔡元培、胡适等发起，以一种新的方式为他祝寿，也就是请好友们写文章做寿礼。
1924年前后是商务印书馆营业最鼎盛的时期，资金充足，董事会研究后决定在南京路的最佳地段买地建屋。董事会委托张元济办这件事，不久后签订合同。
令人意外的是高凤池因为自己的投资提议没有得到董事会的认可，便在第二天反悔，坚持反对买地建屋。如果毁约的话，公司要赔付高额的罚金，张元济无奈之下只好动用私人关系和交情找到南浔的大富翁张澹如买了这一块地，避免交罚金。
谁曾想三个月后地价格暴涨，而张澹如购买的这块地可净营45万元。张澹如讲义气，建议张元济和自己合伙经营，说这件事和商务印书馆已经没有关系了。
张元济没有同意，他认为不管怎么说，自己是代表商务签约的，而非个人行为，如果利用这一机会赚钱的话就是假公济私，变相贪污了。张元济的儿子张数年在回忆这段往事的时候曾说：“父亲在公司工作了数十年，一向公私分明，划清界限，操守清廉，这也是他为人之道的一条重要原则。”
1927年，张元济还遭遇过一次绑架，在魔窟待了整整6天。绑架次日，绑匪开价30万元赎身，张元济听后哈哈大笑，说自己没钱，绑匪只好退让到20万。
张元济再次说明自己真的没钱，还说：“你们不相信的话可以去调查。”绑匪听后果真去调查了，发现张元济确实不是大老板，没有什么钱。但事已至此，开弓没有回头箭，绑匪退让到2万元，可是张元济连2万元也是拿不出的，最终以1万元了事。
