《马关条约》是继《南京条约》以来最严重的不平等条约。各帝国主义国家援引片面最惠国待遇，获得了《马关条约》中除割地赔款以外中国给予日本的所有特权。它给近代中国社会带来严重危害，大大加速了中国半殖民地化进程，加深民族危机。
台湾等大片领土的割让，进一步破坏了中国主权的完整，刺激了列强瓜分中国的野心，民族危机进一步加深。而且还造成了台湾和大陆难以弥补的隔阂，遗患至今。巨额赔款，加重了中国人民的负担。同时，加速了日本军国主义的发展。清朝因此大借外债，致使列强控制了中国的经济命脉。
通商口岸开放，使帝国主义侵略势力深入到中国内地。允许在华投资办厂，其他列强引用“利益均沾”的条款，争先恐后地在中国开设工厂，严重阻碍了中国民族资本主义的发展。同时也反映出列强对华经济侵略由商品输出到资本输出的过程。
《马关条约》反映了帝国主义资本输出、分割世界的侵略要求。外国资本主义对中国的侵略进入一个新的阶段。总之，《马关条约》使中国面临空前严重的民族危机，中国社会半殖民地化的程度大大加深了。
从中国方面看，第一，《马关条约》的签订（甲午中日战争中国失败）标志着历时三十余年的洋务运动的失败，使取得的近代化成果化为乌有，打破了近代以来中国人民对民族复兴的追求。第二，割地赔款，主权沦丧，便利列强对华大规模输出资本，掀起瓜分狂潮，标志着列强侵华进入了一个新阶段，大大加深了中国的半殖民地化。中国的国际地位急剧下降。第三，甲午战争及《马关条约》直接导致中国人民挽救民族危亡的运动高涨，资产阶级掀起了维新变法运动和民主革命运动，中国人民自发反抗侵略的斗争高涨，如义和团运动。
对日本而言，通过《马关条约》得到巨额赔款和台湾等战略要地，不仅促进了本国资本主义的进一步发展，而且便利了日本对远东地区的进一步侵略，使日本一跃成为亚洲唯一的新兴资本主义强国。另外，日本为了对抗俄国，湔雪三国干涉之耻，一方面提出“卧薪尝胆”的口号，重新开启十年扩军计划；另一方面促成了“英日同盟”的形成，开始了东亚地区新一轮的争霸。
对朝鲜而言，《马关条约》从法理上标志着中朝之间上千年的宗藩关系正式终结，东亚传统的华夷秩序和封贡体制也遭最后一击而宣告崩溃。朝鲜名义上获得了独立，实际上却被日本控制。之后俄国势力进入朝鲜，日本和俄国在朝鲜的争夺日趋激烈，最终引发了1904年日俄战争。
对远东局势来说，《马关条约》掀起了帝国主义瓜分中国的狂潮，加剧了帝国主义列强在远东的争夺，三国干涉还辽事件明显地反映了列强在侵华问题上既相互勾结又相互争斗。
《马关条约》其历史影响是极其深远的，帝国的覆亡、民国军阀的形成和中国急待解决的台湾问题和钓鱼岛问题等等都与之息息相关。《马关条约》条款非常苛刻，就清政府而言，如赔偿和财力损失是极大的。赔偿的军费达2亿两，加上赎辽费3000万两和威海卫日本驻守费150万两，共计2亿3千150万两，相当于清政府3年的财政收入。另外，日军还从中国掠夺了大量的船只、兵器、机器、粮食等也价值1亿两。巨额的赔款，使清政府不得不靠举借外债应付，列强则通过贷款控制中国的经济命脉。《马关条约》的签订是中国近代史上的一个大转折，对这古老的帝国来说，东亚霸主的地位被弹丸小国取代，犹如晴天霹雳。
正如梁启超所说：“吾国四千年大梦之唤醒，实自甲午战争败割台湾，偿二百兆始。”政治上的半殖民地化，并不代表整个社会也是沉沦的。晚清70余年，中国逐步陷入了一种受侵略、受奴役的境地。中国民众遭受着苦难，但是沉沦仅更多的体现在政治上（特别是政府行为），它也没有阻止帝国的官僚们，开明士大夫和广大的民众却未曾放弃探索中国富强之路。他们的努力也成了中国社会向前发展的不竭动力。《马关条约》的签订，人们就自然会想到这一回可真要弄得国将不国，濒临灭亡的边缘了。
1895年以前皇帝、官僚、士绅大多数生活在传统的思想世界里。西方资本主义列强发动的历次侵华战争，也都以中国的失败和签订丧权国的不平等条约而告终。但随着烽烟的暂平息，朝野上下在受过一阵惊恐和发生一番吵嚷之后，很快就又恢复老样子。依旧是文恬武嬉，歌舞升平。严重的内忧外患，不但未能使这个昏睡的，陷于麻木状态的帝国的大多数统治者们惊醒、振作。他们在自欺欺人的“自强中兴”和所谓“中外和好”的梦幻中自我陶醉。甲午惨败和丧权辱国的《马关条约》的签订，情形已和已往不同了。一则是这次战争败得太惨，日本提出的条款太苛刻。再则是这次战争的对手是中国人一直看不上眼的小国——日本。战后社会各阶层都是极大的震撼和痛心疾首。惨败的结局使光绪皇帝蒙受到难以承受的耻辱与刺激。他痛感国事危艰、危亡在即，“若不变法图强，社稷难资保守。”前线将领、朝臣和士大夫纷纷上折条陈反对议和，18个督抚中10个反对和约，朝霞林院侍读奎华等一百五十五人联名上书认为“日本提出的赔款、割地的各条款是‘五洲所未有之奇闻，三千年所无之变局’如照此签约，后果必然是‘法人窥粤，英人窥滇，俄人西窥新疆，东窥三省（奉天、吉林、黑龙江）四夷入侵，各示所欲’”。张之洞和易顺鼎的奏折指出，“如批准条约，不仅台湾人民反抗闹事，各省军民也‘必致痛哭深怨，断不甘心。’结果会弄得‘民穷财尽，国防解体，海军无归宿，陆军无利器，‘各国侵凌，商人嗟怨，外患迭至，内变将出’，‘地险商利，饷力兵权，一朝夺尽神人共愤。’‘行见奉（天）、锦（州）、登（州）、（蓬）莱一带不复立锥，江浙粤各疆，不复能安忱，海口、海面，皆非我有，饷械无济，而海运即穷；战争无能布置而海防又立穷。中国将来必无可办之洋务。’”而作为知识分子的进京赶考的举人们则掀起“公车上书”运动，要求清廷拒和、练兵、迁都、变法。另一方面革命分子，以孙中山为首的革命运动亦展开，他在《马关条约》签订前的1895年2月领导兴中会发动广州起义，主张推翻满清，建立共和政体。
战后列强势力进一步的延伸到了中国内地，资本输出成为了主要的侵略载体和锐利武器。干涉中国内政、践踏中国主权的情况更为严重。外国教会势力的为所欲为和不法传教士、教民肆无忌惮的为害地方，激起整个帝国广泛的反抗。甲午战后到处爆发反洋教、反贪官污吏的斗争，其势如烈火燎原。社会下层民众为主的义和团反帝爱国运动也轰轰烈烈的爆发了。尽管它以失败告终，但它客观上推动了清末社会的改革，并促使旧式的农民运动向资产阶级民主革命转变。
日本通过《马关条约》从中国获得了2.315亿两白银（赔偿军费2亿两，赎辽费3000万两，威海卫守备费150万两），分8次偿还，附有利息，而实际上4次还清。按当时的汇率，这笔赔款相当于3亿6000万日元。
凭借《马关条约》的战争赔款，日本明治政府获得了上述巨额资金，并用于大力发展军事。亦有少部分用来发展教育，如日本政府动用部分战争赔款建立了京都帝国大学（今京都大学）。
