昆明市第三人民医院成立于1954年，前身为“昆明市传染病医院”,1986年更名为昆明市第三人民医院，2002年与“昆明市结核病防治院”合并，成为西南地区规模最大的传染病专科医院，2016年3月通过“三级甲等传染病专科医院”评审，是“云南省传染性疾病诊疗质量控制中心”和“昆明市传染性疾病医疗质量控制中心”，是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点，集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体的大型综合性传染病专科医院。医院是大理大学第六附属医院、昆明医科大学临床教学医院。
医院有3个专家工作站：首都医科大学附属北京佑安医院郑加生专家工作站（微创介入科）、中国药科大学孔令义专家工作站（天然药物化学）及首都医科大学附属北京地坛医院成军专家工作站（肝病科）。
医院有省级重点专科4个（感染性疾病科、传染科、重症医学科、肝病科）和培育项目1个（结核病科），市级重点专科4个（肝病科、结核病科、艾滋病科、重症医学科），设有3个昆明市市级研究中心（昆明市感染性疾病研究中心、昆明市肝病研究中心、昆明市结核病临床研究中心）、1个昆明市重点实验室（昆明市结核病重点实验室）、23个市级诊疗技术中心和4个科技创新团队，是昆明市“突发公共事件传染病医疗救治中心”。
医院分为吴井、长坡两个院区，现有职工1099名，其中具备硕博学历的118人，高级职称138人，硕导10人，编制床位1200张，设有中西医结合结核病科、耐药与重症结核病科、综合结核病科、介入结核科、结核病临床检验中心、肝病综合科、肝病介入科、肝病免疫科、肝病消化科、性病与艾滋病科、感染性疾病及儿童传染科、重症医学科、关怀科、肿瘤科、骨科、普外科、胸外科、妇产科、麻醉科、呼吸科、心内科、内分泌科、老年肺病科、老年心脑血管疾病科、血液净化中心、介入导管室、预防保健与慢病管理中心、检验科、医学影像科、超声功能科、药学部、营养科等32个临床及11个医技辅助科室。
致力于建设国内一流的综合性传染病医院，为病友提供方便周到的人性化服务。医院业务范围辐射全省、周边省份和东南亚国家，近年来与美国斯坦福大学、瑞典隆德大学及泰国宋卡王子大学、越南国立肺科医院、柬埔寨马德望省立医院、印度尼西亚廖亚大学、缅甸卫生部国家结核项目办、老挝友谊医院等东南亚一带一路国家的专业机构开展了广泛的学术和技术交流，随着专业细分及学科交叉的不断深入，逐步形成了“精专科、强综合”的格局。
2017年以来医院陆续加入了“北京结核病诊疗技术创新联盟”、“国家肿瘤微创治疗产业技术创新战略联盟”和 “北京亚太肝病诊疗技术联盟”，在京昆医疗协作联盟的支持下成立了亚太肝病诊疗技术联盟云南省联盟、成为全国结核病医院联盟和北京结核病诊疗技术创新联盟医院，是西南结核病医院联盟的副主委单位，是全国首批上线的结核病互联网医院，是全国传染病医院管理创新学组的委员单位。率先引入的电磁导航支气管镜技术提升了肺部结节的鉴别诊断能力，结核病临床研究中心在耐多药结核的诊治、中西医结合肺内外结核的治疗、肺结核及结核并发症的介入治疗、骨关节结核的外科治疗等方面达到国内先进水平。肝病临床研究中心在感染性肝病如乙肝、丙肝、戊肝等和非感染性肝病如自免肝、脂肪肝、药物肝损伤等诊疗方面处于省内领先水平，是云南省最早开展人工肝治疗的医院，开展了肝硬化及上消化道出血的内镜治疗，在“郑加生专家工作站”的指导下开展了肝癌与肺癌的微创介入消融手术，具备开展肝癌的肝动脉灌注栓塞、肝血管瘤灌注栓塞、经颈静脉肝内门体分流术、下腔静脉滤器植入等介入手术的能力。医院建立了HIV初筛和确证实验室，具备开展抗病毒治疗、机会性感染治疗、母婴阻断、HIV外科手术等完善的艾滋病诊疗体系。感染性疾病科对发热感染性疾病、中枢神经系统感染性疾病及虫媒传播疾病的诊疗水平省内领先。重症医学科对重症肺炎、休克、多器官功能衰竭、呼吸衰竭、肾功能衰竭、药物毒物中毒以及重症艾滋病、重症结核、急慢性肝衰竭、破伤风、脑炎等感染性危重症有丰富的救治经验。心内科可开展冠脉介入、心脏起搏、主动脉瘤腔内隔绝术等介入治疗。呼吸科擅长对疑难肺部疾病的临床诊治。骨科开展创伤骨折、骨肿瘤、骨与脊柱关节结核的手术，腹部外科开展腹腔镜术、肝叶切除术以及其他腹部结核手术，胸外科开展肺肿瘤、各种结核病灶清除和肺叶切除等手术。妇产科是云南省定点施行乙肝、梅毒、HIV母婴阻断的单位，目前所完成的HIV感染手术在国内位居前列。医院血液净化中心是“全国人工肝及血液净化技术示范中心”，分室分机，对各种感染性疾病患者及普通患者按感染途径进行分区专人专机治疗，确保患者到我院治疗的安全。为终末期病人提供缓和医疗和安宁疗护服务的关怀科在国内享有较高知名度，是“昆明市安宁疗护技术中心”，并与瑞典隆德大学合作共建“中瑞安宁疗护中心”。医院检验科在病毒性肝炎、结核、艾滋病及其他传染病的临床检测方面处于省内领先水平。
作为云南省传染性疾病诊疗质量控制中心，昆明市第三人民医院是唯一一家以市级医院的身份承担起省级医疗质控中心任务的医疗卫生机构，牵头建立了云南省感染性疾病专科联盟，目前已覆盖三级医疗机构5个、二级医疗机构15个、一级医疗机构11个，联盟单位包括昆明市14县市区人民医院，部分地州医院：个旧市传染病医院、红河州人民医院、红河州传染病医院、楚雄州人民医院、丽江市人民医院、迪庆州人民医院、怒江州人民医院、泸西县人民医院、镇雄县人民医院等；响应国家“一带一路”倡议，不断扩大与省内外及东南亚国家传染病专业机构间的协作范围，积极搭建东南亚感染性疾病联盟的平台，通过医疗合作、学术交流、项目、科研等方式带动区域内传染病防治水平的共同提升。
近年来医院在科研创新方面成果显著：获得国家自然科学基金立项1项，云南省部级立项24项，昆明市级立项108项，昆明市引智项目立项7项，区级项目3项；获云南省科技进步二等奖1项、三等奖1项，云南省卫生科技成果二等奖2项、三等奖7项，昆明市科技进步二等奖2项、三等奖1项，官渡区科技进步三等奖2项。
医院承担着昆明地区的传染病临床诊疗、预防控制、应急救治、技术指导、人员培训等工作，是昆明市及云南省传染病疫情防控的重要力量，为保障昆明市乃至云南省人民群众的身体健康、维护社会稳定做出了积极贡献。2003年被卫生部、人事部、国家中医药管理局表彰为“全国卫生系统抗击非典先进集体”；2005-2007年度、2008-2010年度及2011-2015年度三次获得“云南省防治艾滋病人民战争先进集体”荣誉；2009年、2012年、2015年连续三次被授予“云南省文明单位”称号；2012年、2013年被评为昆明市“平安建设先进单位”，多次获得市卫生系统“先进集体”、“实绩突出班子”等表彰；2017年艾滋病科获得国家卫计委授予的“全国优质护理服务表现突出病房”称号、获得国家卫计委授予的“全国卫生计生系统先进集体”称号及云南省卫计委授予的“云南省卫生计生系统先进集体”称号；2019年在“健康春城•最美医者”评选活动中同时获得“五一劳动奖章” 和“工人先锋号”光荣称号。
