对于这样的口供变化，张志超的律师认为，犯罪者的犯罪事实竟然可以根据尸检报告的结果而产生变化，完全是不可理解的，只有一个说法可以说得通，那就是：在现场调查时，侦查人员根据现场痕迹大致判断是一起强奸案，才诱导张志超作出了侵犯供词，这与后来的尸检报告产生了矛盾，便不得不再让张志超更改供词。
而被判犯下包庇罪的王广超也声称，自己的口供是刑讯逼供的结果。
口供成疑，又缺乏物证除了张志超和王广超的口供之外，王绪波和杨同振的口供也十分重要，因为正是他们提供的口供，把矛头指向了跟本案似乎毫无关联的张志超和王广超二人。
王绪波和杨同振也是临沭二中的学生，案发时，他们所在的宿舍距离废弃厕所最近，据他们所说，在早晨6点23分的时候，他们听到了门外有女孩子的尖叫：“你要干什么？救命！”
听到尖叫声后，二人穿衣跑出宿舍，看到洗刷间的门口站着两个人，其中一个是张志超，另一个戴着眼镜的就是王广超。
王绪波和杨同振的证言，把事发时张志超的位置定位到了“洗刷间门口”，但可疑的是，重审调阅案宗时发现，杨同振和王绪波在前两次提供证言时，完全没有提到张志超的名字，却在近一个月之后的一次询问中指控了张志超。
而跟二人同屋的另一名同学，则声称没有听到尖叫声，也没有其他宿舍的同学可以证明二人所说的话。
事后看来，王绪波和杨同振口供的效力似乎成疑。
除了口供，物证的问题也不小，在此案中，警方除了一根小木棍之外，没有提供任何物证，几乎完全靠口供给张志超定了罪。
按照判决书上所认定的犯罪过程，张志超手中用来胁迫高妍的绿色铅笔刀、事后毁坏遗体的红色铅笔刀、以及废弃厕所被破坏的旧锁，都是重要的物证。
可是后来办案人员根据张志超的口供到垃圾桶寻找时，无论如何都找不到这些物证。
而唯一的物证小木棍，据张志超后来自己所说，是在他被带到现场指认时，看到后随口说的。
因为此时的他必须要将现场物证与自己的口供一一对应，被害人遗体有小木棍造成的损伤，他就必须要提到一个小木棍。
侦查人员也没有对这唯一的物证做任何检测，按理说，这根木棍上应该既有张志超的指纹，又有被害人的身体物质，但侦查人员没有提取任何物质来确认这就是作案工具。
不仅是小木棍，侦查人员在现场和被害人身上，也没有提取到任何跟张志超有关的细胞、毛发、体液、指纹等等。
最后也是最重要的一点是，根据张志超律师所提出的意见，张志超在案发时根本没有作案时间！
有大量学生和老师的证言证明，张志超在案发当天6点20分跟同学们一起围绕教学楼跑操，随后与一名同学抱着棉衣进了教学楼。
再根据杨同振和王绪波的口供，他们二人看到张志超时，废弃厕所的门已经换了新锁。
也就是说，张志超要在三分钟的时间内，做完这所有的动作：偶遇受害者，将其拖入洗刷间进行侵害并导致其死亡，随后将其搬到废弃厕所内，再偶遇王广超，告知其犯罪过程，并跑下楼到小卖部购买新锁回来换上。
这是几乎不可能做到的。
最关键的是，张志超的母亲马玉萍在后来多年申诉时，找到过小卖部的承包人，这名承包人作证说，当年他每天早晨7点10分才开门营业，因此张志超绝对不可能在6点左右买到新锁。
改判无罪，获332万国家赔偿如此之多的疑点，确实足以让最高人民法院责令重审。
2020年1月13日，山东省高级人民法院组成合议庭，对张志超案进行了再审，认为原审判决事实不清、证据不足，对其予以撤销，改判张志超、王广超二人无罪。
此次改判的理由是“疑罪从无”，由于找不到实质性证据证明张志超犯案，便不能认为其犯罪，这体现了刑事司法的进步，为我国司法制度的完善添了一块砖。
而对于张志超和母亲来说，这样的判决结果并不是最理想的，他们认为最理想的结果是无罪判决，而不是疑罪从无。
离开法院后，张志超跟母亲回到了阔别15年的老家，走进房子时，张志超的情绪突然崩溃，捂面痛哭了起来。
