食品分类标准，看似两大部委之间的食品分类方法不同，实则是因为两大部委各自承担的职责不同，一个负责食品生产企业的经营许可，一个是食品国家标准制定者，这两大职能部门对于食品生产经营企业而言，都是主管部门。
那么，食品分类标准到底有多重要？举例说明。
以藕粉为例，按照职权范围由市场监督管理局颁发生产许可证。有的省份按其生产工艺特点颁发的是淀粉生产许可证，有的省份按其原料特点颁发的是水产制品生产许可证，还有的省份按其食用特点颁发的是方便食品生产许可证。但在 GB 2760-2014《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》中，藕粉被分类在粮食和粮食制品大类下。在 GB 2762-2017《食品安全国家标准 食品中污染物限量》中，藕粉的食品类别又归为淀粉和淀粉制品大类下。因分类不同直接导致的是食品检验方法的差异，进而出现检验结果的分歧，造成生产企业与检验机构之间的争议不断，食品的质量安全监管成为了水中花、镜中月。
再以果冻为例。果冻在《食品质量安全市场准入制度食品分类表》中被划入了序号13下糖果泛大类下的果冻类别，而《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》中的“附录E-食品分类系统”中又被划入了其他类别，而不在糖果类下。分类不同的差别在于分类的依据不同。《食品质量安全市场准入制度食品分类表》是以生产流程及使用设备等为划分依据，而《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》中的“附录E-食品分类系统”以原料分类、食品形态及在每日摄入食品总量中的地位等作为划分依据。
再以膨化食品为例。在《食品质量安全市场准入制度食品分类表》中，膨化大豆蛋白既可能被划入“其他豆制品”，也可能被划入“膨化食品”。《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》中的“附录E-食品分类系统”中，膨化玉米片又可能被划在“即食谷物”，也可被划在“膨化食品”。
出现这种情况的原因是，划分食品类别时使用的分类依据在同一层级不一致，也就是说，“膨化食品”中的“膨化”为加工方法，米、面、豆类都可进行膨化，而“其他豆制品”和“即食谷物”中的“豆”“谷物”为食品原料，加工方法和食品原料都作为类别划分的同一层级，由此给标准使用者造成困扰也是难以避免的。
再如，味精是常用的食品鲜味剂，现在的家用味精仍按食品进行管理，但在《食品安全国家标准 食品添加剂使用标准》中的“附录E-食品分类系统”中，并没有明确味精所属分类，只可按功能划入“鲜味剂和助鲜剂”中，但同时该标准又将味精以谷氨酸钠的形式划入了食品添加剂，造成了同一种物质被划入了食品与非食品两个有本质区别的概念中。
