1、缩二脲超标
尿素在熔融过程中，若高温（常压下 133 ℃）处理，会产生缩二脲，缩二脲含量超过 2%时，对作物种子和幼苗均有毒害作用。近年来，随复合肥生产工艺的变革，缩二脲在高塔熔融喷浆、油冷及转鼓喷浆等造粒工艺过程中若操作不当也易产生，但因复合肥的国家标准中未要求检测缩二脲从而使表面合格的复合肥流入市场，对玉米生产造成潜在威胁。
2、肥料配方不合理
传统的复合肥配方中，氮含量一般不超过 15%，而目前有些复合肥其配方中氮的含量往往超过 20%。氮含量增高，相应施肥方法也应该随之改变（如施肥量相应减少或施肥点离作物根部要远些等），否则浓度过高易产生盐害，造成烧根、烂根。
3、游离酸毒害
复混肥生产以过磷酸钙、重过磷酸钙作磷源时，若产品中含有 4.5%～5.5%游离酸也会产生毒害。据悉，游离磷酸是粘稠状、酸性物体，施入土壤接近种子，其腐蚀性和吸湿性均很强，如 果 不 加 以 处理，用量过大易烧伤幼苗和种子根系。在生产过程中，常采用碳铵氨化或中和，经处理后的过磷酸钙、重过磷酸钙，由于消除了游离酸，其腐蚀性、吸湿性大大降低，不会烧伤种子、幼苗和叶片。
4、NO3-毒害
用NH4NO3、KNO3 生产复混肥时，施入土壤后很快解离成 NH4 、K 和 NO3-，由于土壤只能吸收阳离子，致使 NO3-溶解于土壤溶液中，在水分充足的情况下，NO3-会随土壤水分运动而流失；在缺水情况下，NO3-残留在土壤溶液中会与土壤中 H 结合生成硝酸，残留过多的 NO3-能酸化土壤，对种子发芽影响很大。
5、三氯乙醛（酸）的毒害
依据有关标准，肥料中不得检出三氯乙醛（酸），但某些磷肥往往是由含三氯乙醛的废硫酸生产的，当其施于土壤后，三氯乙醛转化为三氯乙酸，两者均可对植物造成毒害。另外，磷肥中重金属，特别是 Cd2 的含量也是一个不容忽视的问题，含镉磷肥是一个潜在的污染源。
6、未经腐熟有机肥直接施用
未经腐熟或腐熟不完全的有机肥一旦施入土壤，其在分解过程中就会产生大量的有机酸和热量，容易造成烧根现象。
7、玉米苗期降水多
土壤耕层含水量适宜，肥料融化快。多年的旋耕致使犁底层变硬、变浅，根系生长受限，局部土壤溶液一直处于高浓度状态，致使水分供应不足，幼苗生长缓慢，严重的引起体内倒流，植株失水而逐渐死亡；另外，由于土壤犁底层坚硬，化肥融化后向下渗透慢，在犁底层上面水平扩展，使根系接触高浓度化肥溶液，也易发生烧苗。
