加之，琼州海峡恰好位于我国沿海地震断裂带的西南部，同时还有三个地形断裂带交错分布于此，这就导致了琼州海峡地震活动十分活跃，平均十几年就会发生一次中高强度的地震。如果在跨海大桥施工过程中发生了地震等地质灾害，其后果是毁灭性的。
除此之外，琼州海峡还处于台风多发的地区，资料表明，琼州海峡跨海通道区域内平均每年8级大风11.8天，急性龙卷风5次。显然，如此恶劣的自然环境和天气必然会影响跨海大桥的建设；同时也对建设的技术提出了更高的要求和需要大量的资金投入。
其次，从海域环境上看，琼州海峡作为连接海南和内陆的重要通航水道，每天都会有络绎不绝的船只在上面航行，要想顺利修建跨海大桥和以后投入使用，则需要将桥面抬高40米以上，方便船只在琼州海峡行驶。
而根据资料显示，琼州海峡平均深度为44米，海峡中间的水深为80—100米，最深处为120米；按照这个数据计算下来，建造跨海大桥的桥墩则需要在100米以上。
这是一个什么概念呢？以商品楼一层楼高3米为例计算，这就相当于三十多层大楼一样高。这无疑对建设技术提出了新挑战，同时也意味着需要消耗大量的建筑材料和建设成本的增加。
最后，从资金层面上看，根据琼州海峡跨海大桥之前的设计方案显示，如果要修建跨海大桥，大约至少需要1400亿元。
实际上琼州海峡大桥1400亿元的估算还是在2012年的时候，现在如果再来重新估算的话，恐怕投资金额还要再上涨不少。而作为全球现存最长的跨海大桥—港珠澳大桥，造价也不过是1269亿元；
换言之，琼州海峡跨海大桥的造价比港珠澳大桥高得多。如果真的把跨海大桥的建设提上日程，那建造跨海大桥的钱又该从哪里来呢？
据海南省统计局公布的数据来看，在2022年，海南省的GDP总值为6818.22亿元，财政收入为832.4亿元，财政支出为2095.5亿元。从这个数据来看，作为建设跨海大桥最大受益方的海南而言，要让海南省独自拿出1400亿元来修建跨海大桥基本是不可能的。
