即便如此，在新疆作战的军队仍然遭遇了严重的粮食不足问题：光绪元年（1875年）四月，金顺率领的首批西征军驻扎在新疆昌吉回族自治州东部吉木萨尔县，因为所存军粮只能维持一个月。金顺向兰州的左宗棠多次告急，“奴才全军军食除自行屯采供支之外，尚缺二万石，不敷接新，前曾函商阁督左宗棠，得其复书准照数力为筹济。并嘱以运存哈密之粮局多，如营中有驼，假可赴哈驮运，查奴才营驼可染灾，陆续倒弊极多，现存可用仅有千只，前敌转运尚且不敷，拨派赴各处买驼委员来函均以缺银不能集事。”
看看，左宗棠确实准备了很多的军粮，却无法及时运到前线。
那么，是左宗棠没有准备足够的牲口吗？
当然不是了！凉州和肃州间有大车2000辆、驴1500头；安西、哈密、巴里坤、古城间有官驼3000头、商驼10000头、大车300辆；肃州、古城间有大车1000辆；古城和乌鲁木齐间有大车500辆、官商驼8000余头；巴里坤，齐克胜之间有驴1000头；乌鲁木齐、吐鲁番、哈密间有大车900余辆，驼8000头；吐鲁番到南疆前敌有大车300余辆，驼8000头。
左宗棠集中的大车和牲口不可谓不多，然而不够用。
金顺部队遭遇的粮荒不是偶然，而是普遍现象。
想要维持军队在新疆作战，单个士兵的伙食标准是固定的：步兵每日每名配给净粮一斤五两，平均每月净需四十五斤；马队一骑，生日需料五斤，草十二斤；骑兵则每日每员支粮两斤。各军饟事，再加上制造添补军需、军装、购买驼只之用，以实饷数按照每人马平均下来摊算，计每名每年可得三十余两银。
左宗棠西征大军有6万规模，大家可以算一算，即便按照都是步兵每月45斤的标准，一个月需要多少军粮，更别说还有大量马匹需要惊人的草料。
对于运输瓶颈，左宗棠也在奏折中抱怨凉州哈密线的运输艰难（此线经凉州、甘州、肃州，出嘉峪关，过玉门、安西至哈密，全长三千五百余里）：从安西至哈密计程十一站，途经戈壁，无台站、无水、无草、砂砾纵横，中间仅安西城北西站的马莲井尚可以支帐小憩，以备汲饮，但不宜久留。
这条线路，仅从凉州、安西把采购到的粮食运至安西，所需民运车骡驮只、脚价、员弁人夫薪粮、牲畜草料、口袋、局费，一切均摊牵算，运粮百斤，采买费只为五两五钱，而加上运费增至十一两七钱左右；若将粮食由肃州运至古城，每粮百斤脚价竟至十五两有奇。
总体来说，左宗棠做了最大的准备，甚至用借外债等方式筹集了4000多万两白银，前线的军粮供应体系只是保持不崩溃罢了。
左宗棠之所以能够最终收复新疆，同敌人阿古柏实力太弱且倒行逆施有直接的关系。
在左宗棠全面进攻之前，来自中亚浩罕汗国的阿古柏，嫡系部队不过万余人。他们不是新疆当地人，在这里横征暴敛、奸淫掠夺无恶不作，引起各族人民的极大反感。
遭遇强敌以后，没有人民支持的阿古柏立即站不住脚，很快就全面溃败。
左宗棠部队军事作战只有半年多时间，阿古柏就垮台了。
以新疆的辽阔地域来说，这个时间是极少的。
此时是清代，中国的经济相对新疆已经有绝对优势，人口增加到4亿。此时新疆只有200多万人口，其中7万为汉人。
可以这么说，在清末新疆作为一个省份，没有单独对抗全国的实力。
即便如此，左宗棠花费了重大的财力物力和军力，才打垮阿古柏，大体控制了新疆全境。
就大唐来说，想要控制西域，首先必须牢牢控制青海、甘肃等地区，这里有极为重要的河西走廊。
河西走廊是从陕西到新疆唯一的陆地交通运输线路。一旦丢了，新疆驻军同腹地也就失去联系，不战也就自溃了。
那么，大唐无法对付近在咫尺的吐蕃，保证河西走廊的安全，何谈长期控制中亚，同阿拉伯人交战？
说来说去，中国直到清代才完全控制新疆，还是客观地理限制以及技术条件不足的问题。
好在大唐的敌人，同时代阿拔斯王朝的处境，也好不到哪里去。
