从分布上来看，中华鲟是一种江海洄游性鱼类，它们虽然生长速度较快，但是性成熟时间较晚，需要在海洋中生活9-18年左右，沿着长江洄游到长江上游四川宜宾以及金沙江下段繁殖。每年夏秋季节时，它们会溯游到长江上游金沙江一带产卵，然后再和幼小的鲟鱼一起前往海洋生活，等到下一次繁殖期到来。
然而三峡大坝与葛洲坝的修建，阻拦了它们洄游的脚步，导致它们丧失了大部分产卵地，以至于中华鲟数量不断下跌。
由于三峡大坝以及葛洲坝阻隔了中华鲟的洄游道路，所以现如今的三峡大坝里没有中华鲟的存在，即使在修建时有部分中华鲟被拦截在三峡大坝上游，它们也无法生存，原因是因为它们需要到海洋中觅食，海洋中的食物总量较多，能够满足它们对能量的需求。
除了中华鲟之外，三峡水库之中还存在着许多超大鱼类，曾经有报道说有人捕捞到了一只体重达到400多斤的青鱼；除此之外在重庆云阳龙缸景区的长江支流中，还有人捕捞到了体重超过300斤的鳙鱼，该鱼还被当成水怪报道过。根据当地渔民表示，像这样的鱼看到过许多次，也就是说这里生活着不止一条大鱼。
三峡大坝修建完成之后，除了巨大的经济价值之外，生物学家也对此有所担忧，担忧它的存在会威胁到长江的鱼类，尤其是鱼类产卵。
根据统计发现，长江是我国鱼类最为丰富的水系之一，据不完全统计当地一共生活着424种物种，而黄河却只有150种。长江不仅鱼类种类丰富，而且有许多是当地特有的品种，比如长江鲥鱼、白鳍豚、中华鲟等。
