然而长江自古以来又是一条桀骜不驯的河流，因为长江位于我国800毫米降水线以南，以至于在雨季时长江流域降雨量较多，导致河水暴涨，当暴涨的河水冲破河堤时，就会造成长江流域发生洪涝灾害，威胁着两岸的人们。经统计发现，在三峡大坝修建之前，每隔10年左右长江流域就会发生一次大规模洪涝事件。
为了减少洪涝灾害的发生，也为了利用长江水系资源，我国修建了三峡大坝，它可以在汛期时拦截洪峰，在旱季时开闸放水，确保当地河流不断流，保证了我国长江流域的安全。
但是有利就有弊，三峡水坝不仅拦截了洪峰，还拦截了泥沙，使得江水变得清澈，而长江白豚又需要一定的泥沙量，清澈的江水对它们的生存造成了不利。不过对白豚影响最大的并不是大坝的修建，而是人类的捕捞以及水体污染，改变了它们的生态环境。
除此之外三峡大坝对鱼类最直接的影响，就是导致生物在溯游、洄游时遇到难以翻越的障碍，以至于物种种群数量锐减，中华鲟就是如此。
不过好在我国为了保护它们，一直在努力地进行人工繁殖，目前每年都会向长江投放中华鲟鱼苗，确保该种群基因延续性得到保障。还有一大批科学家们正在努力地为它们重建栖息地；我国也推行了长江10年禁渔，目的就是为了保护它们，保护长江。
