新中国成立后，国家在微山湖区域成立微山县，划为山东省管辖。徐州对此颇为不满，多次表达自己的诉求。于是在三年后，国家做出调整，规定：“微山湖湖面，由山东省微山县统一管理”。这个规定，却引发了更大的矛盾，因为随着湖水涨落，湖面和地面的界线是不断变化的。
1961年微山湖区域干旱，大面积湖田露出水面。江苏沛县提出“向大湖进军”的口号，出动四百余人抢种庄稼。但这一行为遭到微山县反对，在制止未果后，双方再次发生械斗，导致沛县一人死亡、一人重伤。这件事后，山东江苏历时五十余天的商议，却依然没有解决根本问题。所以每到种麦季节，微山和沛县都会发生械斗。
在十年动乱期，关于微山湖的械斗始终没有停止，除了对湖田的争夺，对湖内的芦苇等湖产，也开始发生争抢。到1980年，双方发生较大械斗400多起，造成17人死亡，百余人重伤。当地人民互相仇视，干部提心吊胆，经济发展受到重大打击。
1990年的麦收之际，两地干部商议谁种的麦谁收割，大家一起收麦，由干部维持秩序。然而这次依然爆发了冲突。沛县方面的干部说，双方商定6月5日收麦，但微山方面没有如约前来。而微山方面表示，当时还没有确定具体时间，沛县就开始抢割麦田。正是因为看到沛县割麦，微山村民才赶到现场阻止。
根据记载，沛县出动三百余人、四十部拖拉机、十多部收割机、上百辆地排车割麦。微山县则出动150余人前去制止，从而引发械斗。在这场械斗中，沛县三人死亡，数十人受伤，微山县也有两位村民受伤。此后数年，微山县干部途经沛县，经常被沛县村民非法拘留殴打，沛县三名死者的遗体，直到三年后才下葬。
两地矛盾始终无法解决，在2001年4月，沛县两百多村民，还在村支书带领下，到微山县两个乡政府机关打砸，电视、电脑、门窗等物品都被砸毁，还绑架了派出所所长，让政府形象受到严重损害。
直到今天，微山湖地区还有部分省界纠纷没有解决。好在很多百姓已经不靠微山湖生存，不少人都外出打工，纠纷也逐渐减少。
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