1、海域水体的富营养化
随着沿海地区工农业发展和城市化进程加快，大量含有有机质和丰富营养盐的工农业废水和生活污水排入海洋，造成进岸海域的水体富营养化，污染物不容易被稀释扩散，因此这些地区是赤潮多发区。海水养殖密度高的区域由于自身污染也往往存在水体的富营养化，形成赤潮的可能性较大。
2、海域中存在赤潮生物种源
海洋中有330多种浮游生物能形成赤潮，有毒的种类大约有80多种，目前在中国沿海海域的赤潮生物约有150种。
3、适宜的水温和盐度
不同海区的不同类型赤潮爆发对温盐的要求各不相同，一般在表层水温的突然增加和盐度降低时，会促进赤潮的发生。在水*换弱的封闭海湾，赤潮一般发生于雨过天晴之后。
4、合适的海流作用和天气形势
一般在海潮流缓慢、水*换弱、天气形势稳定、风力较小、湿度大、气压低、阳光充足时，易发生赤潮。海流、风有时能使赤潮生物聚集在一起，沿岸的上升流可以将含有大量营养盐物质的下层水带到表层，为赤潮的发生提供必要的物质条件。如果风力适当，风向适宜的话，就会促进赤潮生物的聚集，从而易形成赤潮。
水域中氮、磷等营养盐类;铁、锰等微量元素以及有机化合物的含量大大增加。
赤潮是一种复杂的生态异常现象，发生的原因也比较复杂。随着现代化工、农业生产的迅猛发展，沿海地区人口的增多，大量工农业废水和生活污水排入海洋，其中相当一部分未经处理就直接排入海洋，导致近海、港湾富营养化程度日趋严重。
