南京地铁集团有限公司内设12个部门包括办公室、组织宣传部、人力资源部、规划发展部、质量安全部、资产管理部、财务部、审计部、土地管理部(玄武区土储中心)、工会工作部、信息中心、技术中心，1个直属单位：南京地铁交通设施保护办公室，4家全资子公司：南京地铁建设有限责任公司、南京地铁运营有限责任公司、南京地铁资源开发有限责任公司、南京地铁小镇开发建设集团有限公司，4家控股公司：南京宁高轨道交通有限公司、南京宁北轨道交通有限公司、江苏宁句轨道交通有限公司、南京宁麒开发置业有限公司。
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