化肥危害便是影响大棚蔬菜健康生长的一大制约因素，因为化肥中含有许多化学元素，对蔬菜的生长极为不利，这些化学元素会导致土壤变质，发生酸化，形成积盐的不良状况，从而影响蔬菜的正常生长。然而如果发生积盐的现象或相关问题，会慢慢阻碍蔬菜根部的良性发育，使蔬菜由于根部无法供应营养并使得水分和化肥无法正常地交换和吸收，导致蔬菜因缺乏大量营养而死亡。经过科学认定，如果土壤的酸化程度极高并且出现土壤盐渍化的话，蔬菜可能会出现的现象有蔬菜根部腐烂，蔬菜叶子干枯老化，并散发出大量的毒气，这会大大降低蔬菜的利用率，不利于蔬菜的健康生长和存活。
大棚蔬菜在种植过程中还会遇到的一大问题便是农药危害，在蔬菜发育的过程中，往往不可避免地出现一些有害于蔬菜的害虫，因此种植者在防治害虫的首选就是农药，但农药在*死害虫的同时，会对蔬菜造成极大的损害。农药对蔬菜的威胁程度极大，而且对不同的蔬菜具有不同程度的损害，有的比较明显，有的不明显，近期不会被立即发现，但之后便会显现出来。
种植者在喷洒农药时总是没有区别对待，所有的蔬菜都会使用一种农药，这就使得农药的效果无法很好地发挥出来，还有就是有些蔬菜种植者为了节省成本，会使用一些劣质或过期的农药，这就对蔬菜产生极大的危害，更有的蔬菜种植者使用了过量的农药直接把蔬菜给烧死了。农药在使用的过程中，也有一定的规则和规律，还要受时间节点的限制，喷洒农药一般要在上午或者下午，尽量避免在正午阳光极为强烈的时候喷洒，否则会使得蔬菜的根部变形，甚至会直接导致蔬菜的死亡。
自然旱灾也是影响大棚蔬菜生长的又一重要因素，而科学上的专业术语把它叫做折叠自然旱害，旱灾除自然雨水不足外，还可能是水源不足而引起的旱灾，而有些地方的大棚蔬菜种植是由于水资源设施不完善而导致的水资源缺乏，而这种水资源缺乏而造成的旱灾不仅仅会错过大棚蔬菜种植的最佳时机，影响大棚蔬菜的生长速度，并给后续对大棚蔬菜的施药、施肥带来一定程度的不便，不利于大棚蔬菜的健康发展。
