在养殖过程中大部分人认为圈舍越清洁越好，其实这种说法是不一定的，如果猪圈脏细菌存留量适当，那么就会持续刺激机体产生抗体，免疫系统是一个以反复的方式建立记忆的系统。猪在过度清洁卫生得条件下，很少接触引起过敏的抗原和病原菌可能使得免疫系统刺激不足，也会导致猪群对外界的抵抗力比较差，但猪场细菌存有量过高对猪群健康威胁较大。
以灰尘为例，灰尘可使人患呼吸道和肺部疾病，某些猪场的空气环境对动物和人的健康可能都是有害的。对动物而言，不同的圈舍系统可能对免疫系统具有完全不同的影响。
在一个饲养系统内，可供动物的饲养密度和有效的自由活动区域将决定患病和传染病传播的机会。此种情况在一定程度上延长免疫系统的记忆时间，以及增强免疫能力。但需要说明的是，由于在这种环境下病菌得以存活，因此在有限的区域，高饲养密度增加了不断重复感染的风险，因而各种寄生虫病最有可能成为传染源。
空气质量可能以以一种间接的方式影响动物的健康，这可能是灰尘浓度的增加会使肺泡巨噬细胞变得更加繁忙，最终导致他们清除病原的功能减弱的缘故。
因此灰尘浓度的增高是肺部感染的诱发因素，一旦患有肺部呼吸道疾病，就会影响猪群的生长，还会造成不同程度的应激反应。
在猪群的管理中，猪群的大小也是非常重要的，对与健康的动物，一个较大的群体可能优于较小的群体，这个评价是以猪出现健康欠佳和受伤的相对频率为根据的。
用垫料来改善圈舍条件，会使得圈舍环境不利于呼吸系统健康或直接增大接触病原伤害的可能性，铺设有限的垫料猪比较舒服。由于他减少了猪的相关应激，而所谓的垫料可能不利于猪的健康。
有人通过对厚垫料饲养的不同数量的两种密度猪群的实验结果表明，相对低密度而言，高密度猪表现出更高的受伤频次，体液免疫反应也有所降低。动物之间的相互影响以及较高的灰尘水平，可能解释了免疫应答中所观察到的不利影响。
在现实养猪过程中，猪舍的清洁度跟通风，气温，饲养密度和空间大小等都有关系。而猪舍内的湿度、氨气浓度、二氧化碳浓度、粉尘浓度、微生物浓度，是引发孢子、霉菌和内毒素的主要原因。在养殖过程中除季节变化外，最重要的污染物就是微生物。所以在养殖过程中最重要的就是阻碍微生物的生长，保证猪只健康。
除了这一方面外，还要对猪舍的湿度、氨气浓度、二氧化碳浓度、粉尘浓度、微生物浓度等进行合理的控制，以减少疾病的发生。
所以说在养猪过程中猪舍的卫生条件是非常重要的，为保持猪舍卫生条件良好，必须要做到进行合理的通风，改善饲养管理，及时清理粪便，保证清洁，严格消毒，提高猪舍卫生条件。猪舍的脏与清洁都有优缺点，但是猪舍清洁的优点要多于猪舍脏的优点。所以说我们做好猪舍的卫生工作是至关重要的事。
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