随着它的东向转弯，它也将给四国本州岛乃至北海道地区带去大量降雨，日本全国性的洪涝灾害是少不了的，可以说南玛都这台台风横扫了日本，不过由于日本大部分都是山地，海拔起伏较大，比较容易向海中排水，所以造成的损失可能不会很大。
在台风南玛都还未登陆日本之前，日本气象厅就发出了最高级别台风、海浪和暴雨预警，预测巨浪最高可达16米，五六层楼的高度的巨浪，而且还发布了海啸预警，因为台风而发布海啸预警，这种情况是很少见的，在台风到来前，九州等地疏散了数百万人，做好了对抗洪涝灾害的准备，所以其损失不会很大。
但即使如此，截至日本当地时间9月19晚18时，“南玛都”仍然已造成2人死亡、1人失踪、至少108人受伤，九州和本州西部地区有近25万用户断电，日本九州新干线、山阳新干线和东海道新干线均停运，京都、大阪和神户地区电车线路也大部分停运，日本航空和全日空两家航空公司取消了超过800个航班。
