山东水发集团共有31个子公司，分别是：
山东调水工程有限公司，水发天源集团有限公司水发众兴集团有限公司，水发环保集团有限公司，水发民生产业集团有限公司，水发建设集团有限公司，山东水利发展集团有限公司，水发产业发展集团有限公司，水发水务环境集团有限公司，水发智慧产业集团有限公司，水发生态产业集团有限公司，水发农业投资集团有限公司，水发技术集团有限公司，山东水投集团有限公司水发基金管理有限公司，水发能源集团有限公司，水发公用事业集团有限公司，水发华夏集团有限公司，水发旅游集团有限公司，水发文化集团有限公司，山东农业发展集团有限公司，水发农业集团有限公司，水发实业集团有限公司，水发投资集团有限公司，水发文旅集团有限公司，水发浩海集团有限公司，水发丰远能源有限公司，水发安和集团有限公司，水发燃气股份有限公司，水发物流集团有限公司，中国水发兴业能源集团有限公司，水发电力集团有限公司，山东水发创新投资有限公司鲁控教育控股集团。
