事业单位改革以后还是会分全额和差额的，因为每个事业单位是否拥有收费的权利都是不一样的，肯定要根据单位的性质来确定政府资金的投入范围。
事业单位改革后，不会再有差额拨款或自收自支事业单位。最终新成立的事业单位体系，单位的费用支出将由地方财政全部承担。也就是说，今后的所有事业单位，很有可能全部变成财政全额拨款事业单位。
首先，自收自支事业单位转制改企，其真正意义是市场化经营。此类事业单位在改革中，明确指出被撤销，今后不再有自收自支类事业单位。
其次，公益二类事业单位，就是将具有盈利性单位转企。不同之处就是保留公益性单位，并强化属性。那么，既然保留的是公益部分，也就意味着没有收入，强化属性的同时，单位正常的运行，也就意味着地方财政需要“接盘”。所以，公益二类事业单位被保留的部分，也很有可能变成财政全额拨款单位。
