《爱丽丝梦游仙境》主要讲述了发生在爱丽丝上次梦游仙境的十三年后的故事，已经19岁的爱丽丝去一个庄园参加一个聚会，爱丽丝选择了逃跑，她跟着一只白兔钻进了一个洞，再次来到“仙境”。
这里依然是她童年来过的地方，一切都没有发生太大的变化，有着奇妙的黄色瞳孔的疯帽子先生（约翰尼·德普饰）率先欢迎了爱丽丝的到来，而专断凶狠的红桃皇后（海伦娜·伯翰·卡特饰）依然尖叫着要砍掉其他人的头，甚至连自己的妹妹白皇后（安妮·海瑟薇饰）也不放过。
在双胞胎兄弟（马特·卢卡斯饰）等朋友的帮助下，爱丽丝逐渐地恢复了记忆，她将在这个童话般的奇妙世界里重新审视自己。
